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[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2021
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novembre 2021 I Formation I Cesab I Autres sujets
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[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2021
Versioning, reproductibilité, compendium et conteneurisation
Le Cesab de la FRB et le GdR EcoStat proposent la troisième édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (R, git, markdown, tidyverse, docker) appliqués à la recherche en biodiversité.
Son prix est de 300 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s. Des bourses peuvent être octroyées à certains participants (d’un montant n’excédant pas le prix d’inscription) : une bourse de la part de la FRB et une bourse du GdR EcoStat (pour les étudiants appartenant à un laboratoire membre du GdR). Cette formation, dispensée en français, s’est déroulée du 29 novembre au 3 décembre 2021 dans les locaux du Cesab à Montpellier.
La formation peut être créditante pour les étudiants inscrits au doctorat dans les écoles doctorales suivantes :
- GAIA (Montpellier)
- EGAAL (Rennes)
- ABIES (Paris)
- Sciences et agrosciences (Avignon)
- SEVAB (Toulouse)
- Sciences de l’environnement (Aix en Provence)
Liste des intervenants (par ordre alphabétique) :
- Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
- Stéphane DRAY (CNRS LBBE)
- Olivier GIMENEZ (CNRS Cefe)
- Loreleï GUÉRY (Cirad Phim)
- François GUILHAUMON (IRD Marbec)
- Nina SCHIETTEKATTE (EPHE Criobe)
Programme
Lundi 29 novembre 2021
Mardi 30 novembre 2021
Mercredi 1er décembre 2021
Jeudi 2 décembre 2021
Vendredi 3 décembre 2021
- Accueil et présentation de la semaine
- Science ouverte et Recherche reproductible
- Research Compendium
- Gestion des versions et partage (git, GitHub, etc.)
Mardi 30 novembre 2021
- Manipulation et visualisation de données (tidyverse et ggplot2)
- Programmation lettrée (Rmarkdown)
Mercredi 1er décembre 2021
- Optimisation du flux de travail (drake)
- Reproductibilité avancée : conteneurisation (docker), package R
Jeudi 2 décembre 2021
- Projets en sous-groupes
Vendredi 3 décembre 2021
- Projets en sous-groupes
- Restitution des projets
co-organisateur
