[FRB-Cesab] Newsletter 12 Cesab – janvier 2025

Tout au long de 2024, et comme cela s’annonce également pour 2025, le Cesab est loin de désemplir, accueillant chaque semaine un à deux groupes de travail sur son site montpelliérain ! Ces groupes se sont montrés particulièrement actifs, avec 37 articles scientifiques publiés au total sur la dernière année écoulée.

L’année 2024 a marqué la fin de projet pour les groupes Navidiv et Bridge. Ces deux groupes présenteront leurs résultats finaux lors de Cesabinars ce printemps (plus d’informations plus bas). Certains groupes de travail finissent, d’autres commencent : c’est le cas pour les trois projets sélectionnés en fin d’année dans le cadre des 2 appels lancés en 2024.

Groupe – appel thématique 2024

Le projet ESEB, “Impacts des infrastructures européennes d’énergie solaire sur la biodiversité : intégration des connaissances existantes pour permettre une gestion positive de la nature, et des investissements”, coordonné par Alona ARMSTRONG (Université de Lancaster, UK) et Armin BISCHOFF (Université d’Avignon, France) a été sélectionné par le CoPil FRB-ITTECOP en septembre 2024. Ce projet s’inscrit dans le cadre de l’appel à projets thématique Ittecop 2024, organisé en partenariat avec le Ministère de la Transition écologique et l’ADEME sur la thématique “Impacts des infrastructures humaines (transport et production d’énergie renouvelable) sur la biodiversité”.

Groupes – appel générique 2024

Financé par la FRB avec le soutien de ses membres fondateurs et du ministère de la Recherche, l’appel générique à projets de synthèse a permis la sélection de deux nouveaux projets :

• Div4Drought, Effets de la diversité des arbres sur la résilience à la sécheresse des forêts : une approche mécaniste pour réconcilier des observations divergentes, coordonné par Joannès GUILLEMOT (CIRAD, France) et Charlotte GROSSIORD (EPFL, Switzerland)

• FishMIP-OSP, Les Ocean System Pathways (OSPs) : des scénarios et un cadre de simulation pour étudier le futur des pêcheries mondiales, coordonné par Olivier MAURY (IRD, France) et Derek TITTENSOR (Dalhousie Univ, Canada).

Retrouvez l'intégralité des projets Cesab

Appel 2025 – chercheur canadien

Le troisième appel conjoint CIEE-ICEE-FRB-CESAB, financé par l’Ambassade de France au Canada et offrant aux chercheurs canadiens l’opportunité de participer au workshop d’un groupe de travail au Cesab est toujours ouvert et se clôturera le 14 février. Les résultats seront communiqués dans la prochaine newsletter.

Appel 2025 – IdeaShare & DataShare

En 2025, la FRB avec le soutien du HEIRS (Human Evolution Research Synthesis, situé à Faron au Portugal) lanceront un appel à projets pour financer deux types de groupes complémentaires : l’IdeaShare et le DataShare. Cet appel vise à faire progresser la recherche en biodiversité en soutenant, respectivement, la génération d’approches interdisciplinaires innovantes et la compilation de bases de données accessibles et de haute qualité.

• L’IdeaShare met l’accent sur la création de nouveaux concepts, modèles et méthodes grâce à une collaboration interdisciplinaire, réunissant des experts en biodiversité et des spécialistes d’autres domaines afin d’explorer de nouvelles perspectives et cadres.
• Le DataShare se concentre sur l’accélération de l’assemblage, la curation, l’harmonisation et le partage ouvert des bases de données liées à la biodiversité, en veillant à ce qu’elles soient accessibles et réutilisables pour des synthèses et analyses futures.

L’ouverture de l’appel est prévue début avril. Si le sujet vous intéresse, n’hésitez pas à consulter régulièrement la page dédiée aux appels ou à vous inscrire à notre liste de diffusion !

Evénements passés

Conférences 2024

Le dernier trimestre de 2024 a été marqué par deux conférences de clôture de programme. Félicitations à eux !

• Le groupe Fishglob, co-financé par l’Université de Montpellier, le CIEE canadien et l’Ambassade de France au Canada était réuni au Cesab en décembre à l’occasion d’un “Return”. La conférence du groupe, destinée à une audience scientifique internationale et dédiée à la biodiversité des poissons dans un contexte de changement global, est disponible en intégralité sur la chaîne YouTube de la FRB.

Le groupe Fishglob lors de sa visio-conférence le 5 décembre 2024

• De son côté, le groupe SynTreeSys a organisé une conférence lors de son sixième et dernier workshop, délocalisé pour l’occasion au Brésil. Cet événement visait à interagir avec la communauté scientifique locale autour de la compréhension des forêts tropicales. La conférence a rassemblé jusqu’à cent participants en présentiel et 200 autres en distanciel. Pour en savoir plus sur ce groupe et cet événement, vous pouvez consulter leur newsletter, accessible via les ressources disponibles sur leur page de groupe.

Evénements futurs

Webinaires – Cesabinars

Depuis juin, six groupes Cesab terminés ont donné leur Cesabinar. Ces séminaires en ligne offrent une occasion précieuse aux groupes en fin de projet de partager leurs résultats avec la communauté scientifique.

Toutes les interventions sont enregistrées et disponibles en rediffusion sur notre chaîne YouTube. Ainsi, si vous souhaitez en savoir plus sur la variabilité spatiale et temporelle des récifs coralliens (Score-Reef), sur les foraminifères planctoniques face au stress climatique (Forcis), sur les stratégies reproductives et la diversité des plantes (DiveRS) ou encore sur les causes et conséquences de la rareté fonctionnelle (Free1), rien n’est perdu ! Ces sujets ont été abordés lors des présentations tenues depuis la dernière newsletter.

Nous sommes également ravis de vous annoncer les prochaines interventions :

• Navidiv sur les infrastructures de navigation fluviale et la biodiversité : impacts et opportunités pour la gestion du paysage navigable le 7 mars 2025
• Bridge sur la co-construction paysagère des diversités taxonomique et fonctionnelle végétales lorsque corridors routiers, fluviaux et bords de cultures entrent en contact le 26 mai 2025

Rendez-vous sur le site de la FRB et la page dédiée aux Cesabinars pour rester informé.e des prochaines interventions et revoir les interventions passées.

Conférences 2025

Du 3 au 6 juin 2025 aura lieu le One Ocean Science Congress, un événement de l’Unoc organisé par le CNRS et l’Ifremer. A cette occasion, Devi Veytia, ancienne post-doctorante FRB-Cesab sur le programme prioritaire de recherche (PPR) “Océan et climat“ présentera ses résultats à la communauté scientifique réunie à Nice.

Le 26 juin, la journée FRB 2025 abordera la thématique Nexus à travers l’évaluation de l’Ipbes. Ce terme, que vous entendrez sans doute de plus en plus souvent, désigne les liens étroits entre la biodiversité, l’eau, l’alimentation, la santé, le changement climatique et le système énergétique. Cette approche multidisciplinaire se retrouve déjà dans de nombreux groupes FRB-Cesab. Cette journée sera l’occasion d’explorer ces interconnexions et de mettre en lumière des solutions pour atténuer les effets de ces crises croisées ! Nous vous en dirons plus sur cette journée dans les prochaines semaines sur le site internet de la FRB.

Le Cesab et ses partenaires proposent désormais six formations ! La grande nouveauté pour 2025 est une formation sur l’Intelligence Artificielle à destination des écologues. Les pré-inscriptions pour cette première édition sont désormais closes. En effet, les pré-inscriptions pour les formations de printemps sont déjà fermées pour cette année, mais restez connectés pour ne pas rater la vague des pré-inscriptions aux formations d’automne !

Mars 2025 : Analyse théorique des données écologiques [Inscriptions closes] / 4ème édition

• En anglais
• Former aux techniques de modélisation mathématique (équations différentielles, Lotka-Volterra, matrices Jacobiennes, etc.) ainsi qu’à l’interface statistique entre modèles et données de biodiversité
• En partenariat avec le GDR TheoMoDive

Avril 2025 : Analyse de réseaux d’interactions en écologie [Inscriptions closes] / 2ème édition

• En anglais
• Former à l’analyse de données de réseaux écologiques, à travers une introduction générale sur les réseaux, les métriques classiques (dont la modularité, la nestedness et le clustering), les modèles nuls, les modèles génératifs (SBM), les réseaux multi-couches, ainsi qu’un tour d’horizon de techniques plus nouvelles (comme l’embedding), en mêlant cours classiques et études de cas pratiques
• En partenariat avec l’ANR Econet

Mai 2025 : L’IA pour les écologues : une boîte à outils [Inscriptions closes] / 1ère édition

• En anglais
• Former aux concepts et outils de l’intelligence artificielle à travers un mélange de théorie et de travaux pratiques. En se basant sur différents types de données couramment rencontrées en écologie, l’objectif de la formation est de donner aux participant.es l’autonomie nécessaire pour évaluer quels algorithmes sont les plus adaptés à leurs problématiques de recherche, où les récupérer et comment les ajuster en fonction de la question posée.

Octobre 2025 : La synthèse des connaissances sur la biodiversité : introduction aux méta-analyses et revues systématiques [Ouverture des pré-inscriptions en avril] / 4ème édition

• En français
• Introduction aux méta-analyses et aux méthodes des revues/cartes systématiques appliquées au domaine de la biodiversité
• En partenariat avec PatriNat

Novembre 2025 : La donnée en biodiversité : de l’acquisition à l’ouverture [Ouverture des pré-inscriptions en mai] / 2ème édition

• En français
• Cycle de la donnée en biodiversité, de son acquisition à l’ouverture, en passant par la standardisation, l’archivage et la publication d’un data paper et d’un plan de gestion de données
• En partenariat avec le Pôle National des Données de Biodiversité (PNDB) et GBIF France

Décembre 2025 : Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique [Ouverture des pré-inscriptions en juin] / 7ème édition

• En français
• Former les chercheurs et chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (R, git, quarto, renv, docker, etc.) appliqués à la recherche en biodiversité
• En partenariat avec le GDR Ecostat, l’UMR Entropie, l’Isem, le LBBE et le MBB

Retrouvez l'intégralité des formations

A la fin d’année 2024, nous avons dit au revoir à :

• Aurore Receveur, post-doctorante du groupe Maestro,
• Pavanee Angelee Annasawmy, data-scientist du groupe BlueJustice,
• et Brunno Oliveira, post-doctorant du groupe Bioshifts.

Nous leur souhaitons tout le meilleur pour la suite et espérons vite recroiser leur chemin au Cesab.

Nous avons également accueilli au Cesab trois nouveaux collaborateurs :

• Déborah Birre, post-doctorante du groupe Motiver,
• Lisa Nicvert, post-doctorante du groupe Dragon,
• Et Romain Frelat, qui vient consolider le pôle Data-science aux côtés de Nicolas Casajus et de Camille Coux. Romain prend plus particulièrement en charge les groupes sélectionnés dans le cadre du programme « Pressions anthropiques et impacts sur la biodiversité terrestre », en partenariat avec le MTECT et l’OFB soit 10 projets de synthèse Cesab, mais également 14 projets issus des axes synergie et revues systématiques.

L‘équipe Cesab partage enfin la joie de quatre anciens post-doctorants qui ont tout récemment obtenu des postes permanents :

• Kévin Hoeffner (LandWorm), qui a obtenu un poste de chargé de recherche à l’INRAe à Rennes,
• Aurore Receveur (Maestro), devenue chargée de recherche à l’IRD UMR Marbec à Montpellier,
• Lucie Mahaut (Free 2), recrutée chargée de recherche à l’INRAe à Montpellier,
• Et Aaron Sexton (Navidiv), bientôt assistant professeur à l’Université de Cornell (États-Unis).

Bravo à eux !

Post-doctorante au sein du projet Spatman depuis 2023, Cathleen nous partage son parcours au Cesab, de son implication au sein d’un groupe de travail transdisciplinaire aux projets collaboratifs menés avec les autres post-doctorants.

• Bonjour Cathleen ! Peux-tu nous présenter ce sur quoi portent tes recherches ?

J’ai une formation en écologie, avec une double spécialité en conservation de la biodiversité et en modélisation et statistique appliquées aux systèmes écologiques. Parallèlement, j’ai suivi une licence en sociologie, car à l’époque, je trouvais que les enseignements en écologie étaient assez déconnectés de la société. Je me demandais : comment résoudre les problèmes environnementaux sans prendre en compte le facteur humain, principal déclencheur de la crise de la biodiversité ?

Le projet Spatman me permet justement de concilier ces deux dimensions de la recherche, qui me passionnent. Dans le cadre de Spatman, nous cherchons à établir des liens entre les connaissances issues de l’écologie et celles des sciences humaines afin de mieux comprendre comment l’organisation spatiale des pressions humaines influence la biodiversité, et ce, à toutes les échelles.

Pour atteindre cet objectif, nous avons développé un cadre conceptuel que nous testons sur des cas concrets. Par exemple, nous analysons les liens entre les pratiques agricoles et la biodiversité associée, ou encore les facteurs environnementaux, infrastructurels et sociaux qui expliquent les collisions entre la faune et les véhicules en France. En parallèle, le projet phare de Spatman repose sur une revue de la littérature scientifique. Cette revue vise à quantifier l’effort de recherche en examinant le nombre d’études portant sur les liens entre les différentes pressions directes des activités humaines (comme la pollution, les changements paysagers ou l’exploitation des ressources) et la biodiversité. Cette revue permettrait également d’identifier les lacunes dans les connaissances actuelles.

• Dix scientifiques de disciplines très variées se sont réunis au sein du groupe Spatman. Peux-tu nous en dire plus sur cette diversité et sur la manière dont elle enrichit votre démarche, notamment pour concevoir des solutions concrètes ?

Le projet Spatman se distingue par sa capacité à réunir des chercheurs issus de disciplines fondamentalement différentes. Parmi nous, il y a des écologues spécialisés dans la conservation, l’écologie spatiale, dans des dynamiques propres à différents écosystèmes (forestiers, agricoles et urbains), ainsi que des géographes et des économistes spatiaux.

Cette pluridisciplinarité représente une immense richesse. Elle nous permet d’aborder les questions liées aux interactions entre pressions humaines et biodiversité sous un angle véritablement neuf. En croisant les connaissances et les perspectives issues de ces différents champs, nous enrichissons notre approche méthodologique et notre interprétation des résultats. Cela favorise également l’émergence de solutions concrètes et innovantes adaptées à des problématiques complexes.

Cependant, ce type de collaboration demande beaucoup d’efforts en termes de pédagogie entre les membres du groupe. Chacun doit apprendre à comprendre les concepts et les méthodologies propres aux autres disciplines. Cela nécessite une grande ouverture d’esprit et un respect mutuel pour tirer le meilleur de chaque expertise. Mais, malgré les défis, cet échange interdisciplinaire constitue l’une des grandes forces de Spatman et de sa démarche scientifique.

• Pendant ton post-doctorat, tu as participé à plusieurs projets collaboratifs entre les post-doctorants et post-doctorantes de la FRB-Cesab. En quoi cela a consisté ?

L’un des aspects les plus positifs de mon expérience au Cesab, au-delà de l’excellent cadre de travail, a été les échanges avec les autres post-doctorants et post-doctorantes. Ces discussions enrichissantes ont abouti à la publication d’un article d’opinion dans lequel nous avons partagé nos réflexions avec la communauté scientifique sur le système actuel de publication. Nous y avons exploré les moyens pour les postdocs de s’engager activement en faveur de changements dans ce système, souvent critiqué pour ses biais et ses pratiques parfois contre-productives.

“Publier ou périr” ! Oui mais où ? Le nouveau dilemme éthique auquel font face les jeunes chercheuses et chercheursLire la suite

Dans la continuité d’une des recommandations formulées dans cet article, le nouveau groupe de post-doctorants travaille à la création d’un outil permettant de mesurer la proportion d’éditeurs éthiques que nous citons dans nos articles scientifiques. L’objectif est de favoriser, autant que possible, l’utilisation de recherches provenant d’éditeurs qui soutiennent des pratiques bénéfiques pour le système de recherche, et de limiter la dépendance à ceux dont les pratiques nuisent à l’écosystème scientifique.

• Que peut-on te souhaiter pour la suite ?

De poursuivre mes collaborations actuelles tout en maintenant le même niveau d’enrichissement et d’excellence avec des chercheurs et chercheuses lors de ma prochaine mission de recherche au Japon.

(Et, bien sûr, d’obtenir un poste permanent par la suite !)

Des articles valorisés via le site et les réseaux FRB

Vous souhaitez en apprendre plus sur les dernières recherches des groupes Cesab ? D’autres contenus vulgarisés sont disponibles sur le site. A l’instar du groupe Spatman, d’autres groupes FRB-Cesab explorent l’impact de l’urbanisation sur la biodiversité. Par exemple, vous pouvez découvrir une interview de Michela Busana, post-doctorante au sein du groupe Acoucène, qui étudie les effets de la pollution sonore en milieu urbain sur les populations d’oiseaux.

[Groupe FRB-Cesab Acoucène] Interview de Michela BusanaLire la suite

Vous pouvez également explorer les derniers travaux du groupe Discar, consacrés à l’utilisation de modèles de trajectoires d’individus dans des paysages fragmentés pour guider la prise de décision.

Modéliser pour décider : l’exemple des déplacements des animaux dans les paysages fragmentésLire la suite

Le milieu marin a été mis à l’honneur ces derniers mois, notamment avec un communiqué de presse publié autour d’un article réalisé conjointement par les groupes Pelagic et Parsec, et paru dans Nature Communications. Cette étude examine comment les facteurs socio-économiques et environnementaux influencent à la fois la présence et l’absence des aires marines protégées à l’échelle mondiale.

[Aires marines protégées] Des rares opportunités cartographiées à l’échelle globaleLire la suite

Cet article a été intégré dans un nouveau format intitulé ‘fil rouge‘. Ce format relie différents résultats scientifiques récents, issus en grande partie des travaux de la FRB à travers son Cesab (plus de six groupes mis à l’honneur !). Dans ce cas précis, le focus est mis sur les aires marines protégées : de l’estimation de leur efficacité en matière de conservation jusqu’aux limites socio-économiques qui peuvent freiner leur établissement.

[Fil rouge] De l’efficacité des aires marines protégées à l’identification des freins à leur mise en placeLire la suite

Les nouvelles publications scientifiques

[Bioshifts]

• Fu, Z., Zhan, Q., Lenoir, J., Wang, S., Qian, H., Yang, J., Sun, W., Mbuni, Y. M., Ngumbau, V. M., Hu, G., Yan, X., Wang, Q., Chen, S.-C., & Zhou, Y. (s. d.). Climate change drives plant diversity attrition at the summit of Mount Kenya. New Phytologist. https://doi.org/10.1111/nph.20344

[Discar]

• Gimenez, O. (2024). Spatial Occupancy Models for Data Collected on Stream Networks. Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 34(11), e70013. https://doi.org/10.1002/aqc.70013
• Kervellec, M., Couturier, T., Bauduin, S., Chenesseau, D., Defos du Rau, P., Drouet-Hoguet, N., Duchamp, C., Steinmetz, J., Vandel, J.-M., & Gimenez, O. (2024). Bringing circuit theory into spatial occupancy models to assess landscape connectivity. Methods in Ecology and Evolution. https://doi.org/10.1111/2041-210X.14418

[Forcis]

• Chaabane, S., de Garidel-Thoron, T., Meilland, J., Sulpis, O., Chalk, T. B., Brummer, G.-J. A., Mortyn, P. G., Giraud, X., Howa, H., Casajus, N., Kuroyanagi, A., Beaugrand, G., & Schiebel, R. (2024). Migrating is not enough for modern planktonic foraminifera in a changing ocean. Nature, 636(8042), 390‑396. https://doi.org/10.1038/s41586-024-08191-5

[LandWorm]

• Gérard, S., Decaëns, T., Butt, K. R., Briones, M. J. I., Capowiez, Y., Cluzeau, D., Hoeffner, K., Le Bayon, R.-C., Marchán, D. F., Marsden, C., Muys, B., Pelosi, C., Pérès, G., Phillips, H. R. P., Santini, L., Thuiller, W., & Hedde, M. (2025). Putting earthworm conservation on the map : Shortfalls and solutions for developing earthworm conservation. Biological Conservation, 302, 110911. https://doi.org/10.1016/j.biocon.2024.110911

[NaviDiv]

• Jeliazkov, A., Martínez-Fernández, V., Altanov, V. Y., Beisel, J.-N., Buijse, A. D., Consuegra, S., Felin, S., Garcia de Leaniz, C., Graf, W., He, F., Jähnig, S. C., Leitner, P., Schmidt-Kloiber, A., Sexton, A. N., Staentzel, C., Tales, E., Wantzen, K. M., & Wolter, C. (2024). A global systematic map of knowledge of inland commercial navigation effects on freshwater ecosystems. Journal of Environmental Management, 370, 122474. https://doi.org/10.1016/j.jenvman.2024.122474

[Parsec]

• Specht, A., Stall, S., Machicao, J., Catry, T., Chaumont, M., David, R., Devillers, R., Edmunds, R., Jarry, R., Mabile, L., Miyairi, N., O’Brien, M., Correa, P. P., Santos, S., Subsol, G., & Wyborn, L. (2024). Managing linguistic obstacles in multidisciplinary, multinational, and multilingual research projects. PLOS ONE, 19(12), e0311967. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0311967

[Pelagic & Parsec]

• Mouillot, D., Velez, L., Albouy, C., Casajus, N., Claudet, J., Delbar, V., Devillers, R., Letessier, T. B., Loiseau, N., Manel, S., Mannocci, L., Meeuwig, J., Mouquet, N., Nuno, A., O’Connor, L., Parravicini, V., Renaud, J., Seguin, R., Troussellier, M., & Thuiller, W. (2024). The socioeconomic and environmental niche of protected areas reveals global conservation gaps and opportunities. Nature Communications, 15(1), 9007. https://doi.org/10.1038/s41467-024-53241-1

[Rivage]

• Bellard, C., Marino, C., Butt, N., Fernández-Palacios, J. M., Rigal, F., Robuchon, M., Lenoir, J., Irl, S., Benítez-López, A., Capdevila, P., Zhu, G., Caetano, G., Denelle, P., Philippe-Lesaffre, M., Schipper, A. M., Foden, W., Kissling, W. D., & Leclerc, C. (2025). A framework to quantify the vulnerability of insular biota to global change. https://hal.science/hal-04550966
• Marino, C., Soares, F. C., & Bellard, C. (s. d.). Conservation priorities for functionally unique and specialized terrestrial vertebrates threatened by biological invasions. Conservation Biology, e14401. https://doi.org/10.1111/cobi.14401

[SynTreeSys]

• Chave, J. (2024). Species abundance, urn models, and neutrality. Comptes Rendus. Biologies, 347(G1), 119‑135. https://doi.org/10.5802/crbiol.162

[Cesab members]

• Chagnon-Lafortune, A., Duchesne, É., Legagneux, P., McKinnon, L., Reneerkens, J., Casajus, N., Abraham, K. F., Bolduc, É., Brown, G. S., Brown, S. C., Gates, H. R., Gilg, O., Giroux, M.-A., Gurney, K., Kendall, S., Kwon, E., Lanctot, R. B., Lank, D. B., Lecomte, N., … Bêty, J. (2024). A circumpolar study unveils a positive non-linear effect of temperature on arctic arthropod availability that may reduce the risk of warming-induced trophic mismatch for breeding shorebirds. Global Change Biology, 30(6), e17356. https://doi.org/10.1111/gcb.17356
• Flandrin, U., Mouillot, D., Albouy, C., Bejarano, S., Casajus, N., Cinner, J., Edgar, G., Ghilardi, M., Leprieur, F., Loiseau, N., MacNeil, A., Maire, E., McLean, M., Parravicini, V., Pellissier, L., Schiettekatte, N., Stuart-Smith, R. D., Villéger, S., & Mouquet, N. (2024). Fish communities can simultaneously contribute to nature and people across the world’s tropical reefs. One Earth, 7(10), 1772‑1785. https://doi.org/10.1016/j.oneear.2024.09.011

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