[FRB-Cesab] Newsletter 6 Cesab – Janvier 2022

Le Cesab s’engage toujours plus pour la formation aux outils d’analyse de la biodiversité. En partenariat avec les acteurs scientifiques nationaux (GdR) et les participants des groupes de synthèse, la FRB propose, au travers de son Cesab, trois formations en 2022, dont deux nouvelles.

• Approche théorique pour l’analyse des données sur la biodiversité / du 16 au 20 mai 2022

Cette nouvelle formation de cinq jours, organisée en partenariat avec le GdR TheoMoDive, a pour objectif de former de jeunes chercheurs et chercheuses aux techniques de modélisation de données écologiques basées sur la théorie. Elle sera dispensée en anglais du 16 au 20 mai 2022 au Cesab à Montpellier.

• • Pré-inscriptions ouvertes !
  • Clôture des pré-inscriptions : 14 février 2022, minuit (CET)

• La synthèse des connaissances sur la biodiversité : introduction aux méta-analyses et revues systématiques / du 03 au 07 octobre 2022

• • Ouverture des pré-inscriptions : fin mai 2022
  • Clôture des pré-inscriptions : fin août 2022

• Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique / fin novembre 2022
  

• Diversités taxonomiques et fonctionnelles des communautés végétales des corridors et lisières le long d’un gradient européen – au sein du projet FRB-Cesab – Ittecop Bridge

Lieu : FRB – Cesab, 5, rue de l’École de Médecine, 34000 Montpellier
Durée : CDD (Contrat à durée déterminée), 18 mois
Date limite de réception des candidatures : 31 janvier 2022
Début du contrat : mars 2022

• Favoriser la résilience au changement climatique au travers d’une conservation équitable de l’océan – au sein du projet FRB-Cesab Blue Justice

Lieu : FRB – Cesab, 5, rue de l’École de Médecine, 34000 Montpellier
Durée : CDD (Contrat à durée déterminée), 24 mois
Date limite de réception des candidatures : 31 janvier 2022
Début du contrat : mai 2022

Voir les offres complètes

Au travers du Cesab, la Fondation pour la recherche sur la biodiversité ouvrira au printemps 2022 un appel à projets de recherche pour financer trois projets innovants de synthèse d’idées et de concepts et/ou d’analyse de données existantes, en vue d’améliorer la connaissance scientifique relative à la biodiversité et à permettre de mieux la protéger. Les projets soumis pourront traiter de tout sujet relatif à la biodiversité, du point de vue des sciences naturelles et/ou des sciences humaines et sociales. 

Les projets sélectionnés seront financés pour une durée de trois ans, incluant : le recrutement d’un post-doctorant pendant 24 mois, l’organisation de six réunions du groupe de travail au Cesab, la valorisation des résultats, ainsi qu’un appui logistique, technique et administratif au déroulement du projet. 

Deux autres appels à projets ciblés sont en cours de constructions, plus d’infos dans la prochaine newsletter : abonnez-vous ici !

• Sélection en cours de quatre projets synthèse issus de l’appel FRB-MTE-OFB « Impacts sur la biodiversité terrestre dans l’anthropocène »

Ces projets SYNTHESE, d’une durée de trois ans, devront développer des synthèses d’idées et/ou de concepts, des analyses de données existantes, et devront s’intéresser aux facteurs affectant l’état, l’évolution et la dynamique de la biodiversité. Les projets font l’objet d’une sélection en deux étapes : cinq pré-propositions ont été retenues début décembre pour soumettre un projet complet au plus tard le 27 janvier 2022 ; la sélection finale sera annoncée fin mars 2022.

Trois projets SYNERGIE et un projet CARTE SYSTÉMATIQUE ont déjà été sélectionnés dans le cadre de cet appel.

• Sélection en cours de deux projets issus de l’appel SYNERGY avec SinBiose / FAPESP / CEBA sur la biodiversité néotropicale

En partenariat avec le SinBiose, la FAPESP et le LabEX CEBA, le Cesab de la FRB a ouvert en 2021 un appel à projets de recherche pour financer deux projets de recherche innovants portant sur la biodiversité néotropicale. Quatre projets sont en cours d’évaluation par le comité de suivi franco-brésilien de l’appel. Les résultats seront annoncés fin mars 2022.

Les deux projets sélectionnés seront financés pour une durée de trois ans, incluant pour chacun : le recrutement d’un post-doctorant basé au Brésil pendant deux ans, l’organisation de quatre réunions du groupe de travail (deux en France, à Montpellier au Cesab et deux dans l’état de São Paulo au Brésil), la valorisation des résultats, ainsi qu’un appui logistique, technique et administratif au déroulement des projets

Retrouvez l'intégralité des projets Cesab

• Save the date – Conférence et formation « Des espèces aux fonctions » le 16 juin 2022 à Montpellier

Le groupe de travail Free du Cesab de la FRB vous convie à Montpellier pour un symposium en anglais le jeudi 16 juin 2022, intitulé “Des espèces aux fonctions : vers un changement de paradigme pour la conservation de la biodiversité ?”.

Quelles espèces préservées en priorité ? Cette conférence présentera une nouvelle facette de la rareté biologique – la rareté fonctionnelle – et posera les bases des politiques de conservation de la biodiversité et de la rareté, revisitées à la lumière de l’écologie fonctionnelle. Le groupe Free a largement contribué à développer les bases conceptuelles de la rareté fonctionnelle et a proposé des analyses mondiales tentant d’identifier des zones du globe abritant une proportion importante d’espèces écologiquement uniques. Au cours de cette journée, un groupe de chercheurs internationaux discutera des implications directes et majeures de ces recherches pour les politiques de conservation de la biodiversité. Inscriptions à venir !

La conférence se tiendra l’après-midi et sera précédée, le matin, d’une formation consacrée à l’utilisation de packages R qui permet de calculer divers indices de rareté fonctionnelle et de les cartographier.

Les réunions en présentiel ont repris à l’automne 2021 dans des locaux fraichement agrandis (+ de 300m²) : neuf groupes se sont réunis entre octobre et décembre dans les locaux montpelliérains dont deux réunions Cesabafter : des réunions complémentaires durant lesquelles les groupes Afrobiodrivers et Raatd ont pu prolonger leurs travaux de recherche. Plusieurs groupes se sont aussi retrouvés à distance. Afin d’aider à l’organisation de ces réunions virtuelles, l’équipe FRB dédiée du Cesab a élaboré en 2021 un guide pour aider à organiser des réunions virtuelles et maintenir une dynamique scientifique à distance. 

Après plusieurs reports dus aux conditions sanitaires restrictives, le Cesab accueille deux chercheurs en sabbatique au premier semestre 2022 : Tom LETESSIER de la Zoological Society of London et Kasey BARTON, de l’Université d’Hawaii (USA). Ils sont financés via l’appel à projets de 2020, en partenariat avec le LabEX Centre méditerranéen environnement et biodiversité (Cemeb). 

• Félicitations aux post-doctorants Cesab ! 

Félicitations à Ryan Reisinger, post-doctorant au sein du projet Raatd (Analyse rétrospective des données de tracking de vertébrés supérieurs en Antarctique dans le but d’identifier les aires écologiquement importantes) qui vient d’être recruté en tant que maître de conférences en biologie et écologie marines à l’université de Southampton au Royaume-Uni.  

Une enquête réalisée auprès des porteurs de projets Cesab en 2020 avant montré que 85 % des post-doctorants Cesab étaient toujours dans le milieu académique, et que plus de la moitié décrochait un poste permanent dans les trois ans suivant leur post-doctorat à la FRB. 

• Vers un modèle hybride pour les centres de synthèse

Dans les centres de synthèse, la dynamique typique d’un groupe de travail implique des interactions productives et variées pendant douze heures par jour et jusqu’à cinq jours consécutifs. Les sessions virtuelles perdent de leur efficacité après quelques heures, les participants se fatiguant de devoir fixer un écran. Ainsi, si les réunions virtuelles peuvent fonctionner pour des tâches courtes et bien délimitées, elles sont moins adaptées aux discussions non structurées et libres – et ont donc du mal à créer la cohésion sociale nécessaire aux percées créatives. Une approche hybride combinant le meilleur du virtuel et du présentiel pourrait ainsi à terme évoluer vers un modèle permettant de surmonter les limites de financement, d’accroître l’intégration mondiale de la recherche tout en contribuant à réduire les émissions de carbone liées aux déplacements des chercheurs ; et ceci en maintenant le potentiel de promotion de l’intelligence collective que sont les centres de synthèse. 

Lire l'article - le meilleur du virtuel et du présentiel pour les centres de synthèses

Aurore Receveur

Aurore Receveur a rejoint la FRB en décembre 2021 en tant que post-doctorante et est basée au Cesab à Montpellier. Dans le cadre du projet Maestro, elle va explorer l’impact du changement climatique sur la distribution spatiale et la diversité des stocks de poissons démersaux, notamment dans le nord-est Atlantique et en mer Méditerranée. 

Aurore a réalisé sa thèse en Nouvelle-Calédonie (IRD et CPS) au cours de laquelle elle s’est intéressée au fonctionnement de l’écosystème pélagique du sud-ouest du Pacifique. Elle a notamment étudié les dynamiques spatiotemporelles des proies mésopélagiques, leurs liens à l’environnement et aux prédateurs supérieurs. Elle a ensuite réalisé un post-doc à l’institut des pêches allemand (Thünen Institute ; Rostock, Allemagne), où elle a étudié l’effet des changements environnementaux et des pressions anthropiques sur deux stocks de poisson de la mer Baltique : le hareng et la morue.

• • Nouvelles publications scientifiques des groupes Cesab

• Actias

Correa-Carmona Y, Rougerie R, Arnal P, Ballesteros-Mejia L, Beck J, Dolédec S, Ho C, Kitching IJ, Lavelle P, Le Clec’h S, Lopez-Vaamonde C, Martins MB, Murienne J, Oszwald J, Ratnasingham S & Decaëns T (2021) Functional and taxonomic responses of tropical moth communities to deforestation. Insect Conservation and Diversity, accepted. doi: 10.1111/icad.12549.

Decaëns T, Bénéluz F, Ballesteros-Mejia L, Bonilla D & Rougerie R (2021) Description of three new species of Automeris Hübner, 1819 from Colombia and Brazil (Lepidoptera, Saturniidae, Hemileucinae). ZooKeys, 1031, 183–204. doi: 10.3897/zookeys.1031.56035.

Jiménez-Bolívar AC, Prada-Lara L, St Laurent RA & Rougerie R (2021) The Wild Silkmoths (Lepidoptera: Bombycoidea: Saturniidae) of Colombia: a database of occurrence points and taxonomic checklist. Zootaxa, 5081, 151–202. doi: 10.11646/zootaxa.5081.2.1.

• Afrobiodrivers

Scholte P, Pays O, Adam S, Chardonnet B, Fritz H, Mamang J-B, Prins HHT, Renaud P-C, Tadjo P & Moritz M (2021) Conservation overstretch and long-term decline of wildlife and tourism in the Central African savannas. Conservation Biology, accepted. doi: 10.1111/cobi.13860.

• Blue Justice

Bennett NJ, Katz L, Yadao-Evans W, Ahmadia GN, Atkinson S, Ban NC, Dawson NM, de Vos A, Fitzpatrick J, Gill D, Imirizaldu M, Lewis N, Mangubhai S, Meth L, Muhl E-K, Obura D, Spalding AK, Villagomez A, Wagner D, White A & Wilhelm A (2021) Advancing social equity in and through marine conservation. Frontiers in Marine Science, 8, 711538. doi: 10.3389/fmars.2021.711538.

• DiveRS

Helmstetter AJ, Glemin S, Käfer J, Zenil-Ferguson R, Sauquet H, de Boer H, Dagallier L-PMJ, Mazet N, Reboud EL, Couvreur TLP & Condamine FL (2021) Pulled diversification rates, lineages-through-time plots and modern macroevolutionary modelling. Systematic Biology, accepted. doi: 10.1093/sysbio/syab083.

• Free

Mannocci L, Villon S, Chaumont M, Guellati N, Mouquet N, Iovan C, Vigliola L & Mouillot D (2021) Leveraging social media and deep learning to detect rare megafauna in video surveys. Conservation Biology, accepted. doi: 10.1111/cobi.13798.

• Score-Reef

Ghilardi M, Schiettekatte NMD, Casey JM, Brandl SJ, Degregory S, Mercière A, Morat F, Letourneur Y, Bejarano S & Parravicini V (2021) Phylogeny, body morphology, and trophic level shape intestinal traits in coral reef fishes. Ecology and Evolution, 11, 13218–13231. doi: 10.1002/ece3.8045.

Monnier O, Coffre-Vieillard S & Bissery C (2021) Evaluer l’état écologique des récifs coralliens – Réflexions à la croisée des politiques publiques de protection. Office Français de la Biodiversité, Paris, France, 136p. [URL: https://professionnels.ofb.fr/fr/node/1128].

Pozas-Schacre C, Casey JM, Brandl SJ, Kulbicki M, Harmelin-Vivien M, Strona G & Parravicini V (2021) Congruent trophic pathways underpin global coral reef food webs. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 118, e2100966118. doi: 10.1073/pnas.2100966118.

Strona G, Beck PS, Cabeza M, Fattorini S, Guilhaumon F, Micheli F, Montano S, Ovaskainen O, Planes S, Veech JA & Parravicini V (2021) Ecological dependencies make remote reef fish communities most vulnerable to coral loss. Nature Communications, 12, 7282. doi: 10.1038/s41467-021-27440-z.

Strona G, Lafferty KD, Fattorini S, Beck PS, Guilhaumon F, Arrigoni R, Montano S, Seveso D, Galli P, Planes S & Parravicini V (2021) Global tropical reef fish richness could decline by around half if corals are lost. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 288, 20210274. doi: 10.1098/rspb.2021.0274.

Anne-Christine Monnet, post-doctorante au sein du projet Woodiv, financé de 2016 à 2019

Je suis actuellement chercheure postdoctorale au Cesco au Muséum national d’Histoire naturelle à Paris. Mes recherches en biogéographie visent à une meilleure compréhension des mécanismes à l’origine de la répartition spatiale des espèces ou assemblages d’espèces. Au cours de mes recherches, j’ai acquis dans cet objectif une expertise en gestion et analyses spatiales de larges jeux de données et en modélisation. Également naturaliste, je suis particulièrement engagée dans le renforcement des liens entre collecte et valorisation des données naturalistes et leur analyse et utilisation en modélisation. Je travaille actuellement sur l’impact des pesticides sur les populations françaises d’oiseaux. Si l’intérêt d’un tel projet pour la société est évident, je m’interroge de plus en plus sur le lien entre nos recherches et la société. Pour y réfléchir, j’ai organisé pour la Société française d’écologie et d’évolution (SFE²) une journée d’échanges sur le rôle des écologues face à la crise écologique.

Je termine actuellement une revue de littérature des articles scientifiques ayant étudié les facettes taxonomique, fonctionnelle et phylogénétique de la biodiversité pour interroger les apports de cette approche pour la conservation depuis une décennie. C’est un sujet que j’ai abordé lors de mon projet au Cesab. J’ai été post-doctorante coordinatrice du projet Woodiv en 2017, pendant plus d’un an, sous la supervision d’Agathe Leriche (IMBE) sur la diversité multifacette des arbres de Méditerranée. Si la répartition des espèces endémiques, emblématiques du bassin méditerranéen ou des espèces à intérêt forestier est bien connue, les connaissances manquaient sur beaucoup d’espèces méditerranéennes, avec des grandes disparités entre les pays. Le bassin méditerranéen, pourtant le plus grand représentant du climat méditerranéen au monde, n’avait pas de phylogénie complète pour les espèces d’arbres. Ces connaissances sont pourtant fondamentales pour mener des études biogéographiques fiables en Europe où le bassin méditerranéen a joué un rôle de refuge essentiel dans le passé. Le projet Woodiv a permis de construire une base de données pour tous les arbres d’Europe méditerranéenne comprenant leurs traits fonctionnels, leur phylogénie et leurs occurrences spatiales et de mettre en évidence la grande richesse des arbres du milieu méditerranéen (Monnet et al., 2021). Ceci a été possible grâce à une étroite collaboration entre écologues, botanistes et modélisateurs de six pays. Grâce à leur connaissance fine du terrain, les botanistes ont identifié 44 espèces cryptiques, peu connues sous forme d’arbres.

Cette phase de rassemblement des données peut être fastidieuse. Or, elle fait toute la richesse de la base de données Woodiv aujourd’hui. C’était mon premier travail au sein d’un grand consortium avec des disciplines et des cultures différentes. Si les avantages des projets de synthèse sont évidents pour apporter de nouvelles réponses à de questions qui dépassent les frontières des disciplines et des pays, le travail collaboratif apporte également son lot de défis. C’est une question sur laquelle nous avons pu échanger entre postdocs lors d’une rencontre organisée par la FRB, au Cesab. J’ai donc beaucoup appris sur la co-construction d’un projet à l’occasion du projet FRB-Cesab, une plus-value pour toute la suite de ma carrière.

• Le projet Woodiv est toujours actif : il a fait l’objet de quatre publications après la fin du projet dont une a reçu le Prix Jussieu la Société botanique de France.
• Vous pouvez également en apprendre plus sur le processus derrière la publication de “WOODIV, a database of occurrences, functional traits, and phylogenetic data for all Euro-Mediterranean trees” dans cet article écrit en anglais par Anne-Christine Monnet.