[FRB-Cesab] Newsletter 7 Cesab – Septembre 2022

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Au travers du Cesab, la FRB a ouvert au printemps un appel à projets de recherche pour financer des projets innovants de synthèse d’idées et de concepts et/ou d’analyse de données existantes, en vue d’améliorer la connaissance scientifique relative à la biodiversité et de permettre de mieux la protéger. Six pré-propositions ont été retenues en première phase. Trois projets seront sélectionnés en phase finale et financés pour une durée de trois ans, incluant : le recrutement d’un post-doctorant pendant 24 mois, l’organisation de six réunions du groupe de travail au Cesab, la valorisation des résultats, ainsi qu’un appui logistique, technique et administratif au déroulement du projet.

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Retrouvez sur notre chaîne YouTube la conférence “Des espèces aux fonctions : vers un changement de paradigme pour la conservation de la biodiversité ?”, organisée le 16 juin 2022 à Montpellier autour du travail du projet FRB-Cesab Free, en en partenariat avec EDF, le Cefe, le LabEX Cemeb et Muse.

Quelles espèces préserver en priorité ? Cette conférence présente une nouvelle facette de la rareté biologique – la rareté fonctionnelle – et pose les bases des politiques de conservation de la biodiversité et de la rareté, revisitées à la lumière de l’écologie fonctionnelle. Le groupe Free a largement contribué à développer les bases conceptuelles de la rareté fonctionnelle et a proposé des analyses mondiales tentant d’identifier des zones du globe abritant une proportion importante d’espèces écologiquement uniques. Au cours de cette conférence, ce groupe de chercheurs internationaux a discuté des implications directes et majeures de ces recherches pour les politiques de conservation de la biodiversité.

• Introduction Hélène SOUBELET (directrice de la FRB), Nicolas MOUQUET (directeur scientifique du Cesab)
• Conservation of biodiversity through a functional lens Cyrille VIOLLE (Cefe CNRS, Montpellier)
• Practical applications of functional diversity and rarity to the definition of spatial conservation priorities – promises and limits Ana RODRIGUES (Cefe CNRS, Montpellier)
• The commonness of rarity: (big) data, theory, and implications for conservation Brian ENQUIST (Université d’Arizona, USA)
• The functional consequences of marine megafaunal extinctions Catalina PIMENTO (Université de Zurich)
• The biogeography of functional rarity David MOUILLOT (Marbec, Université de Montpellier)

Un atelier consacré à l’utilisation de différents packages R permettant de calculer plusieurs indices de rareté/diversité fonctionnelle, a précédé la conférence. 15 jeunes chercheurs y ont participé.

• Quatre projets synthèse issus de l’appel FRB-MTE-OFB 2021 « Impacts sur la biodiversité terrestre dans l’anthropocène »

Ces projets SYNTHESE, d’une durée de trois ans, vont développer des synthèses d’idées et/ou de concepts, des analyses de données existantes, et s’intéresser aux facteurs affectant l’état, l’évolution et la dynamique de la biodiversité. Ces quatre projets débuteront début 2023. Trois projets SYNERGIE et un projet CARTE SYSTÉMATIQUE ont aussi été sélectionnés dans le cadre de cet appel.

• Acoucène

Vers un printemps silencieux ? Modélisation et projection des impacts de l’anthropocène sur les paysages sonores avec les oiseaux comme indicateur écologique acoustique

Porteurs de projet : Jean-Yves BARNAGAUD (EPHE, France) et Solène CROCI (CNRS, France)

• Impacts

La biodiversité française dans l’anthropocène – impacts et drivers de la réponse spatiale et temporelle

Porteurs de projet : Wilfried THUILLER (CNRS, France) et Franziska SCHRODT (Université de Nottingham, United Kingdom)

• LandWorm

Impact de l’utilisation et de la gestion des sols sur les communautés de vers de terre

Porteurs de projet : Daniel CLUZEAU (Université de Rennes, France) et Céline PELOSI (INRAE, France)

• Spatman

Quel rôle pour l’organisation spatiale des sociétés humaines pour moduler leurs pressions sur la biodiversité ?

Porteurs de projet : Isabelle BOULANGEAT (INRAE, France) et Mohamed HILAL (INRAE, France)

• Deux projets issus de l’appel SYNERGY avec SinBiose / FAPESP / CEBA sur la biodiversité néotropicale

L’appel à projets, lancé en 2021 en partenariat avec le SinBiose, la FAPESP et le LabEX CEBA a donné lieu à la sélection de deux projets sur la biodiversité néotropicale sur neuf propositions reçues. Les 2 groupes de travail, constitués de 10 chercheurs internationaux, seront financés pour une durée de trois ans, et se réuniront à 4 reprises en France au Cesab et au Brésil dans l’état de Sao Paulo. Les deux projets démarreront en début d’année 2023 au Brésil.

•  FaunaServices

La relation entre la biodiversité de la macrofaune du sol et la fourniture de services écosystémiques à travers les systèmes d’utilisation des terres dans les biomes de la forêt tropicale humide

Porteurs de projet : Jérôme MATHIEU (Sorbonne Université, France) et Miguel COOPER (Université de Sao Paulo, Brésil)

• NeFineo

Réseaux d’interactions fongiques dans les régions néotropicales

Porteurs de projet : Mélanie ROY (Université de Toulouse, France) et Paulo GUIMARAES (Université de Sao Paulo, Brésil)

Retrouvez l'intégralité des projets Cesab

Le Comité scientifique du Cesab (CS) suggère, discute les appels à propositions de recherche du Cesab, et évalue et sélectionne les projets scientifiques soumis. Plus largement, il a pour mission de mener une réflexion générale sur les orientations stratégiques du Cesab.

Son effectif a été renouvelé pour partie début 2022 : pour cette nouvelle mandature de 4 ans, le CS compte 22 membres, dont 12 “entrants” et est co-présidé par Verena TRENKEL (Ifremer) et François MASSOL (CNRS). Nous remercions chaleureusement les membres sortants pour leur travail et pour avoir prolonger leur mandat en attendant que le nouveau CS soit actif : Isabelle ARPIN, Jean-François BAROILLER, Sébastien BAROT, Clément CALENGE, Bruno FADY, Philippe GROS, Sonia KEFI, Hélène MORLON, Laurianne MOUYSSET, Olivier THEBAUD.

Plus d'informations sur les membres du comité scientifique Cesab

Le Cesab reste engagé dans la formation aux outils d’analyse de la biodiversité. En partenariat avec les acteurs scientifiques nationaux (GdR) et les participants des groupes de synthèse, la FRB propose, au travers de son Cesab, trois formations en 2022, dont deux nouvelles.

• Approche théorique pour l’analyse des données sur la biodiversité / du 16 au 20 mai 2022

Cette formation de cinq jours, organisée en partenariat avec le GdR TheoMoDive, avait pour objectif de former de jeunes chercheurs et chercheuses aux techniques de modélisation de données écologiques basées sur la théorie. Sa première édition s’est déroulée du 16 au 20 mai 2022 au Cesab à Montpellier et a réuni 15 participants. Elle sera renouvelée en 2023. Inscrivez-vous à la newsletter Cesab pour vous tenir informer de l’ouverture des inscriptions. 

• La synthèse des connaissances sur la biodiversité : introduction aux méta-analyses et revues systématiques / du 03 au 07 octobre 2022

• Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique / du 28 novembre au 2 décembre 2022
  

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• Seize groupes au Cesab au 1er semestre

Sur 24 projets en cours, seize groupes se sont réunis entre février et juillet 2022 dans les locaux montpelliérains dont trois pour des réunions Cesabafter : des réunions complémentaires durant lesquelles les groupes Geisha, Free et FunctionalWebs ont pu prolonger leurs travaux de recherche, finaliser des articles en cours d’écriture et initier une nouvelle dynamique de collaboration scientifique dans le prolongement du projet initial. Plusieurs groupes se sont également réunis à distance.

L’automne s’annonce à nouveau chargé avec 12 semaines de réunions déjà programmées entre mi-septembre et mi-décembre.

Après plusieurs reports dus aux conditions sanitaires de ces deux dernières années, le Cesab a finalement accueilli deux chercheurs au premier semestre 2022, dans le cadre de séjours sabbatiques co-financés via l’appel à projets de 2020, en partenariat avec le LabEX Centre méditerranéen environnement et biodiversité (Cemeb) : Tom LETESSIER de la Zoological Society of London et Kasey BARTON, de l’Université d’Hawaii (USA). 

Le Cesab héberge actuellement cinq post-doctorants :

• Brunno OLIVEIRA étudie au sein du projet Bioshifts, les modèles et l’ampleur de la redistribution de la biodiversité sur la planète, et si les processus de changement d’aire de répartition varient selon les écosystèmes, les groupes taxonomiques ou les contextes environnementaux.
• Aurore RECEVEUR explore au sein du projet Maestro, l’impact du changement climatique sur la distribution spatiale et la diversité des stocks de poissons démersaux, notamment dans le nord-est Atlantique et en mer Méditerranée.  
• Aaron SEXTON étudie sein du projet Navidiv, les impacts de la navigation fluviale sur les communautés de plantes, d’invertébrés et de poissons dans le cadre du projet Navidiv et examine comment atténuer ces impacts.
• Erica RIEVRS BORGES étudie au sein du projet Bridge les communautés végétales sur le bord des routes, des cours d’eau et des exploitations agricoles pour comprendre comment elles sont impactées par ces infrastructures linéaires.
• Devi VEYTIA mène une revue systématique de littérature scientifique, au sein du Programme prioritaire de recherche (PPR) Océan & Climat, sur les solutions fondées sur l’Océan afin d’atténuer et de s’adapter au changement climatique.

Bonne continuation à Andrew HELMSTETTER et Ali BEN ABBES, dont les contrats se sont terminés cet été (respectivement sur les projets DiveRS et Parsec) après 24 mois au Cesab.

Six nouveaux post-doctorants devraient compléter l’équipe en 2023. En fonction des capacités d’accueil du centre, ils rejoindront le Cesab ou seront hébergés au sein des laboratoires des porteurs de projets.

• Zoom sur IndySEM

Financé dans le cadre de l’appel à revues systématiques 2020, le projet IndySEM vise à identifier et analyser les interactions entre biodiversité marine et sociétés humaines pour identifier comment les dynamiques écologiques, qu’elles soient naturelles ou liées à des facteurs anthropiques, agissent sur la production et la demande de services écosystémiques marins.  En 2021, l’équipe de recherche a publié un article sur la méthode de carte systématique afin de mettre en évidence les regroupement et les lacunes dans les connaissances sur la façon dont les changements dans les écosystèmes marins influencent la fourniture de services écosystémiques marins (Campagne et al., 2021).

Sylvie CAMPAGNE (post-doctorante) et Eric THIEBAUT (porteur du projet) ont encadré au printemps 2022 une étudiante en Master 2 “Sciences de la Mer” à Sorbonne Université, Laurie-Anne ROY : les résultats préliminaires ont été présentés à un workshop sur les services écosystémiques organisé à Wimereux (Thiébaut E., Roy L.-A., Campagne S.C. Comment l’évolution des écosystèmes marins influence la fourniture des services écosystémiques ? Les premiers résultats d’une cartographie systématique).

• Zoom sur Afrobiodrivers

Des résultats du projet Afrobiodrivers ont été présentés aux Membres Parties au Partenariat pour les Forêts du Bassin du Congo (PFBC), réunis début juillet à Libreville, République Gabonaise. Dans le cadre de la Convention de la Diversité Biologique (CDB) qui a pour objectif de protéger 30% du globe d’ici à 2030, les Etats membres de la Commission des Forêts d’Afrique Centrale sont invités à augmenter les financements, améliorer la gestion, identifier les autres mesures de conservation efficaces par zones (AMCEZ), et concentrer le peu de moyens sur des superficies plus limitées pour améliorer l’efficacité de gestion des aires protégées (Scholte et al., 2021).

Vous pouvez aussi lire la transcription synthétique de l’article : “La conservation sur des espaces surdimensionnés et le déclin de la faune sauvage et du tourisme dans les savanes d’Afrique centrale“.

• • Nouvelles publications scientifiques des groupes Cesab

• Actias

Li X, Hamilton CA, St Laurent R, Ballesteros-Mejia L, Markee A, Haxaire J, Rougerie R, Kitching IJ & Kawahara AY (2022) A diversification relay race from Caribbean-Mesoamerica to the Andes: Historical biogeography of Xylophanes hawkmoths. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 289, 20212435. doi: 10.1098/rspb.2021.2435.

• DiveRS

Käfer J, Méndez M & Mousset S (2022) Labile sex expression in angiosperm species with sex chromosomes. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 377, 20210216. doi: 10.1098/rstb.2021.0216.

• Forcis

de Garidel-Thoron T, Chaabane S, Giraud X, Meilland J, Jonkers L, Kucera M, Brummer G-JA, Grigoratou M, Monteiro FM, Greco M, Mortyn PG, Kuroyanagi A, Howa H, Beaugrand G & Schiebel R (2022) The foraminiferal response to climate stressors project: Tracking the community response of planktonic foraminifera to historical climate change. Frontiers in Marine Science, 9, 827962. doi: 10.3389/fmars.2022.827962.

• Free

Auber A, Waldock C, Maire A, Goberville E, Albouy C, Algar AC, McLean M, Brind’Amour A, Green AL, Tupper M, Vigliola L, Kaschner K, Kesner-Reyes K, Beger M, Tjiputra J, Toussaint A, Violle C, Mouquet N, Thuiller W & Mouillot D (2022) A functional vulnerability framework for biodiversity conservation. Nature Communications, 13, 4774. doi: 10.1038/s41467-022-32331-y.

Brun P, Violle C, Mouillot D, Mouquet N, Enquist BJ, Munoz F, Münkemüller T, Ostling A, Zimmermann NE & Thuiller W (2022) Plant community impact on productivity: Trait diversity or key (stone) species effects? Ecology Letters, accepted. doi: 10.1111/ele.13968.

Delalandre L, Gaüzère P, Thuiller W, Cadotte MW, Mouquet N, Mouillot D, Munoz F, Denelle P, Loiseau N, Morin X & Violle C (2022) Functionally distinct tree species support long-term productivity in extreme environments. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 289, 20211694. doi: 10.1098/rspb.2021.1694.

Feng X, Enquist BJ, Park DS, Boyle B, Breshears DD, Gallagher RV, Lien A, Newman EA, Burger JR, Maitner BS, Merow C, Li Y, Huynh KM, Ernst K, Baldwin E, Foden W, Hannah L, Jorgensen PM, Kraft NJB, Lovett JC, Marquet PA, McGill BJ, Morueta‐Holme N, Neves DM, Núñez‐Regueiro MM, Oliveira‐Filho AT, Peet RK, Pillet M, Roehrdanz PR, Sandel B, Serra‐Diaz JM, Símová I, Svenning J, Violle C, Weitemier TD, Wiser S & López‐Hoffman L (2022) A review of the heterogeneous landscape of biodiversity databases: Opportunities and challenges for a synthesized biodiversity knowledge base. Global Ecology and Biogeography, accepted. doi: 10.1111/GEB.13497.

Guo W-Y, Serra-Diaz JM, Schrodt F, Eiserhardt WL, Maitner BS, Merow C, Violle C, Anand M, Belluau M, Bruun HH, Byun C, Catford JA, Cerabolini BEL, Chacón-Madrigal E, Ciccarelli D, Cornelissen JHC, Dang-Le AT, de Frutos A, Dias AS, Giroldo AB, Guo K, Gutiérrez AG, Hattingh W, He T, Hietz P, Hough-Snee N, Jansen S, Kattge J, Klein T, Komac B, Kraft NJB, Kramer K, Lavorel S, Lusk CH, Martin AR, Mencuccini M, Michaletz ST, Minden V, Mori AS, Niinemets Ü, Onoda Y, Peñuelas J, Pillar VD, Pisek J, Robroek BJM, Schamp B, Slot M, Sosinski ÊE, Soudzilovskaia NA, Thiffault N, van Bodegom P, van der Plas F, Wright IJ, Xu W-B, Zheng J, Enquist BJ & Svenning J-C (2022) High exposure of global tree diversity to human pressure. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 119, e2026733119. doi: 10.1073/pnas.2026733119.

Magneville C, Loiseau N, Albouy C, Casajus N, Claverie T, Escalas A, Leprieur F, Maire E, Mouillot D & Villéger S (2022) mFD: an R package to compute and illustrate the multiple facets of functional diversity. Ecography, 44, 1–15. doi: 10.1111/ecog.05904.

Sabatini FM, Jiménez-Alfaro B, Jandt U, Chytry M, Field R, Kessler M, Lenoir J, Schrodt F, Wiser SK, Arfin Khan MAS, Attorre F, Cayuela L, De Sanctis M, Dengler J, Haider S, Hatim MZ, Indreica A, Jansen F, Pauchard A, Peet RK, Petrik P, Pillar VD, Sandel B, Schmidt M, Tang Z, van Bodegom P, Vassilev K, Violle C, Alvarez-Davila E, Davidar P, Dolezal J, Hérault B, Galán-de-Mera A, Jiménez J, Kambach S, Kepfer-Rojas S, Kreft H, Lezama F, Linares-Palomino R, Monteagudo Mendoza A, N’Dja JK, Phillips OL, Rivas-Torres G, Sklenár P, Speziale K, Strohbach BJ, Vásquez Martínez R, Wang H-F, Wesche K & Bruelheide H (2022) Global patterns of vascular plant alpha diversity. Nature Communications, 13, 4683. doi: 10.1038/s41467-022-32063-z.

• FunctionalWebs

Céréghino R, Trzcinski MK, MacDonald AAM, Marino NAC, Acosta Mercado D, Leroy C, Corbara B, Romero GQ, Farjalla VF, Barberis IM, Dézerald O, Hammill E, Atwood TB, Piccoli GCO, Ospina Bautista F, Carrias J-F, Leal JS, Montero G, Antiqueira PAP, Freire R, Realpe E, Amundrud SL, de Omena PM, Campos ABA & Srivastava DS (2022) Functional redundancy dampens precipitation change impacts on species-rich invertebrate communities across the Neotropics. Functional Ecology, accepted. doi: 10.1111/1365-2435.14048.

Ruiz T, Carrias J-F, Bonhomme C, Farjalla VF, Jassey VEJ, Leflaive J, Compin A, Leroy C, Corbara B, Srivastava DS & Céréghino R (2022) Asynchronous recovery of predators and prey conditions resilience to drought in a neotropical ecosystem. Scientific Reports, 12, 8392. doi: 10.1038/s41598-022-12537-2.

• Geisha

Chang C-W, Miki T, Ye H, Souissi S, Adrian R, Anneville O, Agasild H, Ban S, Beeri-Shlevin Y, Chiang Y-R, Feuchtmayr H, Gal G, Ichise S, Kagami M, Kumagai M, Liu X, Matsuzaki S-IS, Manca MM, Noges P, Piscia R, Rogora M, Shiah F-K, Thackeray SJ, Widdicombe CE, Wu J-T, Zohary T & Hsieh C-H (2022) Causal networks of phytoplankton diversity and biomass are modulated by environmental context. Nature Communications, 13, 1140. doi: 10.1038/s41467-022-28761-3.

• JustConservation

Pickering J, Coolsaet B, Dawson NM, Suiseeya K, Inoue C & Lim M (2022) Rethinking and upholding justice and equity in transformative biodiversity governance. In: Visseren-Hamakers I & Kok M (Eds.), Transforming Biodiversity Governance, Cambridge: Cambridge University Press (pp. 155–178). doi: 10.1017/9781108856348.009.

• Maestro

Auber A, Waldock C, Maire A, Goberville E, Albouy C, Algar AC, McLean M, Brind’Amour A, Green AL, Tupper M, Vigliola L, Kaschner K, Kesner-Reyes K, Beger M, Tjiputra J, Toussaint A, Violle C, Mouquet N, Thuiller W & Mouillot D (2022) A functional vulnerability framework for biodiversity conservation. Nature Communications, 13, 4774. doi: 10.1038/s41467-022-32331-y.

• Parsec

Machicao J, Ben Abbes A, Meneguzzi L, Corrêa PLP, Specht A, David R, Subsol G, Vellenich D, Devillers R, Stall S, Mouquet N, Chaumont M, Berti-Equille L & Mouillot D (2022) Mitigation strategies to improve reproducibility of poverty estimations from remote sensing images using deep learning. Earth and Space Science, 9, e2022EA002379. doi: 10.1029/2022EA002379.

Machicao J, Specht A, Vellenich D, Meneguzzi L, David R, Stall S, Ferraz K, Mabile L, O’Brien M & Corrêa P (2022) A deep-learning method for the prediction of socio-economic indicators from street-view imagery using a case study from Brazil. Data Science Journal, 21, 1–15. doi: 10.5334/dsj-2022-006.

• Score-Reef

Schiettekatte NMD, Brandl SJ, Casey JM, Graham NAJ, Barneche DR, Burkepile DE, Allgeier JE, Arias-Gonzaléz JE, Edgar GJ, Ferreira CEL, Floeter SR, Friedlander AM, Green AL, Kulbicki M, Letourneur Y, Luiz OJ, Mercière A, Morat F, Munsterman KS, Rezende EL, Rodríguez-Zaragoza FA, Stuart-Smith RD, Vigliola L, Villéger S & Parravicini V (2022) Biological trade-offs underpin coral reef ecosystem functioning. Nature Ecology & Evolution, accepted. doi: 10.1038/s41559-022-01710-5.

Strona G, Beck PS, Cabeza M, Fattorini S, Guilhaumon F, Micheli F, Montano S, Ovaskainen O, Planes S, Veech JA & Parravicini V (2021) Ecological dependencies make remote reef fish communities most vulnerable to coral loss. Nature Communications, 12, 7282. doi: 10.1038/s41467-021-27440-z.

Strona G, Lafferty KD, Fattorini S, Beck PS, Guilhaumon F, Arrigoni R, Montano S, Seveso D, Galli P, Planes S & Parravicini V (2021) Global tropical reef fish richness could decline by around half if corals are lost. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 288, 20210274. doi: 10.1098/rspb.2021.0274.

Langlois J, Guilhaumon F, Baletaud F, Casajus N, de Almeida Braga C, Fleuré V, Kulbicki M, Loiseau N, Mouillot D, Renoult JP, Stahl A, Stuart-Smith RD, Tribot A-S & Mouquet N (2022) The aesthetic value of reef fishes is globally mismatched to their conservation priorities. PLoS Biology, 20, 1–22. doi: 10.1371/journal.pbio.3001640.

Mouton TL, Leprieur F, Floury M, Stephenson F, Verburg P & Tonkin JD (2022) Climate and land‐use driven reorganisation of structure and function in river macroinvertebrate communities. Ecography, accepted. doi: 10.1111/ecog.06148.

Mouton TL, Stephenson F, Torres LG, Rayment W, Brough T, McLean M, Tonkin JD, Albouy C & Leprieur F (2022) Spatial mismatch in diversity facets reveals contrasting protection for New Zealand’s cetacean biodiversity. Biological Conservation, 267, 109484. doi: 10.1016/j.biocon.2022.109484.