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[FRB-Cesab] Newsletter 4 Cesab – Janvier 2021
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[FRB-Cesab] Newsletter 4 Cesab – Janvier 2021
Programme phare de la FRB, le Cesab (Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité) est une structure de recherche au rayonnement international dont l’objectif est de mettre en œuvre des travaux innovants de synthèse et d’analyse des jeux de données déjà existants dans le domaine de la biodiversité. Deux fois par an, le Cesab publie une newsletter répertoriant les différentes actions des groupes de travail et ses événements.
UN MOT DU NOUVEAU PRÉSIDENT DE LA FRB
Denis Couvet
La Fondation pour la recherche sur la biodiversité a comme ambition de mieux connaître la dynamique de la biodiversité, en interaction avec celles des sociétés. Elle a vocation à construire, avec l’ensemble des acteurs, publics et privés, la société civile, des approches basées sur la nature, donc la biodiversité. Une autre préoccupation est de savoir anticiper les impacts, opportunités, effets pervers… de ces approches, dans un cadre intégratif, systémique. Le centre de synthèse créé par la FRB, le Cesab, est un outil d’excellence pour répondre à ces différents objectifs.
En réunissant les meilleures équipes scientifiques, internationales, autour de synthèses scientifiques couplant données, modèles et concepts, les travaux du Cesab doivent nous permettre de mieux comprendre le fonctionnement de la biodiversité, son état et sa dynamique, aux différentes échelles, du local au global. En éclairant ainsi l’organisation des systèmes écologiques et des socio-écosystèmes, le Cesab doit nous aider à aborder la complexité de ces systèmes, envisager les conditions de leur résilience.
Je souhaite, pour l’année qui s’annonce, des développements ambitieux et des actions enthousiasmantes auxquels l’équipe FRB, que j’ai l’honneur de présider depuis le 1er janvier, ainsi que la communauté scientifique, pourront s’atteler collectivement.
Denis Couvet
L’équipe du Cesab tient à remercier collectivement Jean-François Silvain, président de la FRB ces sept dernières années. Sa contribution a été inestimable et sa perspicacité ainsi que ses conseils nous manqueront.
Recrutement de deux post-doctorants
Deux offres de post-doctorats sont actuellement disponibles pour travailler sur les projets sélectionnés dans le cadre de l’appel à projets de revues systématiques.
- Projet AGRI-TE sur la transition agro-écologique (18 mois)
- Projet INDYSEM sur les services des écosystèmes marins (18 mois)
Voir les offres de post-doctorats
Ça s'est passé en 2020
Clarivate Plc a dévoilé sa liste de “Highly Cited Researchers 2020”, la liste des chercheurs les plus cités, le 18 novembre dernier. Cette liste annuelle identifie les chercheurs qui ont démontré une influence significative dans leur(s) domaine(s) d’étude par la publication de plusieurs articles hautement cités au cours de la dernière décennie.
12 chercheurs de cette liste font partie de groupes FRB-Cesab – un reflet de l’excellence des projets du Cesab et un point fort pour les chercheurs exceptionnels qui travaillent avec le Cesab et qui ont un fort impact sur la communauté de recherche, mesuré par le taux de citation de leurs travaux.
- Les post-doctorants des projets FRB-Cesab
Simon Brandl
Simon Brandl, post-doctorant du projet Score-Reef a obtenu un poste de professeur à l’Université du Texas en septembre 2020.
85% des post-doctorants des groupes Cesab évoluent encore dans le milieu universitaire, selon une enquête menée auprès des porteurs de projet Cesab en 2020. Le financement de post-doctorants dédiés à chaque projet est une particularité des groupes de travail Cesab et un véritable atout pour l’animation et la dynamique scientifique des groupes. C’est aussi une réelle opportunité en termes de carrière professionnelle pour ces jeunes chercheurs.
Jérémy carlot
Un nouveau post-doctorant a donc rejoint le projet Score-Reef : Jérémy Carlot. Jérémy a effectué sa thèse au Centre de recherches insulaires et observatoire de l’environnement (Criobe) sur la thématique de la protection côtière des îles récifales. Il a principalement étudié les fonctions que fournissent les récifs coralliens (telles que la calcification, la photosynthèse et la respiration) afin de comprendre la distribution corallienne actuelle de l’île de Mo’orea, en Polynésie française.
Ali Ben Abbes
Un nouveau post-doctorant, dédié au projet Parsec a rejoint l’équipe du Cesab de la FRB en septembre 2020 : Ali Ben Abbes. Ali travaille sur le projet Parsec pour estimer les paramètres socio-économiques à proximité des aires protégées, à partir d’images satellites et de techniques d’intelligence artificielle. Basé aujourd’hui à Montpellier entre le Cesab et le Lirmm, Ali a obtenu son doctorat en informatique de l’École nationale d’informatique de l’Université de la Manouba, Tunisie, et de l’Université Clermont-Ferrand II, France, en 2016. Il a précédemment effectué un post-doctorat au laboratoire CARTEL de l’Université de Sherbrooke, au Canada. Il est également chercheur permanent au Laboratoire RIADI, Université de la Manouba, Tunisie, depuis 2010.
Les formations de 2020
Dans le cadre de l’infrastructure de recherche “Pôle national des données de biodiversité” (PNDB), les réflexions et actions en cours sur les aspects FAIRisation de la donnée (en anglais FAIR : Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) proposent la mise en place de produits et services, autour de la donnée de biodiversité, “aussi FAIR et open que possible”.
Grâce au support du réseau DevLOG (réseau des acteurs du Développement logiciel au sein de l’Enseignement supérieur et de la recherche), le PNDB a organisé une formation du 19 au 21 octobre en distanciel multisites (Concarneau, Paris et au Cesab à Montpellier).
Quelques participants de la formation 2020
Le Cesab de la FRB et le GDR EcoStat ont organisé en virtuel du 2 au 6 novembre 2020, la seconde édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». 23 étudiant(e)s, ingénieur(e)s et chercheurs/chercheuses de toute la France, ont assisté à cette formation à distance en visio-conférence.
Nicolas Casajus (FRB-Cesab), Stéphane Dray (CNRS LBBE), Olivier Gimenez (CNRS Cefe), François Guilhaumon (IRD Marbec) et Nina Schiettekatte (EPHE Criobe) y ont présenté les outils indispensables pour une recherche reproductible (git/GitHub, rmarkdown, drake, packages R, etc.). Les participants ont aussi eu du temps pour mettre en pratique les connaissances acquises en début de semaine lors de projets en sous-groupes en fin de semaine.
Les appels à projets de 2020
La FRB, au travers de son Cesab, a ouvert en 2020 un appel à projets de recherche pour financer trois projets innovants de synthèse d’idées et de concepts et/ou d’analyse de données existantes, en vue d’améliorer la connaissance scientifique relative à la biodiversité et à permettre de mieux la protéger.
53 projets ont été reçus. Les projets sélectionnés seront financés pour une durée de trois ans, incluant : le recrutement d’un post-doctorant sur deux ans, l’organisation de six réunions du groupe de travail au Cesab, la valorisation des résultats, ainsi qu’un appui logistique, technique et administratif.
© Geoffroy Lasne
L’appel a été officiellement lancé la 12 octobre 2020, en compagnie de la ministre de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation Frédérique Vidal et de la Secrétaire d’État à la biodiversité Bérangère Abba. À cette occasion, les deux ministres ont salué l’innovation et l’excellence dont fait preuve la recherche française sur la biodiversité. Elles ont également souligné le caractère innovant des travaux menés par le Cesab de la FRB et l’importance de la collecte et de l’analyse des données d’observation pour relever le défi mondial de l’érosion de la biodiversité
Deux projets ont été retenus par le comité de pilotage et de sélection. Les deux projets pourront mobiliser cartographie systématique, évaluation critique et synthèse narrative du corpus de textes sélectionnés, en vue de la rédaction d’articles de synthèse destiné à des revues scientifiques internationales.
- Thème 1 : État et devenir de la biodiversité marine à l’heure des changements globaux
InDySem : Influence des dynamiques écologiques sur la production et la demande de services écosystémiques marins. Une revue systématique pour l’aide à la décision.
Porteur de projet : Eric Thiebaut – Sorbonne Université, Paris (France)
- Thème 2, en partenariat avec la Fondation Agropolis : Des solutions pour la transition agro-écologique qui préservent la biodiversité
Agri-TE (Agriculture Transition Evidence) : Synthèse des impacts des pratiques agricoles et de la transition agricole à l’échelle mondiale pour appuyer l’aide à la décision
Porteur de projet : Damien Beillouin – Cirad, Hortys, Montpellier (France)
Maestro est un projet porté par Arnaud Auber et Camille Albouy, tous deux affiliés à l’Ifremer, qui s’intéressera aux effets du changement climatique sur les communautés marines exploitées.
Le projet sera basé sur l’analyse et la synthèse de données existantes, ainsi que la modélisation des effets des changements climatiques sur la biodiversité des stocks halieutiques européens et les pêcheries associées (Atlantique nord-est et Méditerranée). Il s’agira notamment de contribuer à mieux comprendre la réponse de la biodiversité des ressources halieutiques et des pêcheries dans le contexte des changements climatiques, pour aider à mettre en place des mesures de gestion des pêches adaptative.
Le projet démarrera dans les mois qui viennent avec une probable réunion virtuelle du groupe au premier semestre 2021.
Les projets reçus sont en cours d’évaluation et l’annonce du projet sélectionné se fera début février 2021. Le projet sera fondé sur l’analyse et la synthèse de données existantes, sur la thématique “Approche territoriale de la biodiversité : infrastructures de transport, milieux naturels et agricoles” à l’échelle géographique européenne.
Les groupes de travail Cesab
Malgré la situation sanitaire, qui empêche les chercheurs de se rencontrer physiquement dans les locaux du Cesab à Montpellier, les groupes restent actifs et travaillent à distance (voir l’article À la FRB, le Cesab toujours en activité !). Ces réunions virtuelles assurent la poursuite des travaux des projets et plusieurs articles scientifiques ont été publiés au cours des derniers mois, dont certains dans des revues à fort impact comme Nature Communication, Global Change Biology, etc.
Les réunions des groupes seront essentiellement virtuelles pendant la première moitié de 2021 et nous croisons les doigts pour que la situation sanitaire s’améliore, et que les groupes puissent à nouveau se réunir au Cesab après l’été. Si tel est le cas, pas moins de 17 groupes se succéderont entre septembre et décembre 2021.
Le Cesab devrait également accueillir quatre Cesabafter en 2021 : des réunions complémentaires durant lesquels les groupes Afrobiodrivers, Functionalwebs, Geisha et Raatd pourront prolonger leurs travaux de recherche.
Nouvelles publications scientifiques des groupes Cesab
Ballesteros Mejia L, Arnal P, Hallwachs W, Haxaire J, Janzen D, Kitching IJ & Rougerie R (2020) A global food plant dataset for wild silkmoths and hawkmoths and its use in documenting polyphagy of their caterpillars (Lepidoptera: Bombycoidea: Saturniidae, Sphingidae). Biodiversity Data Journal, 8, e60027. doi: 10.3897/BDJ.8.e60027.
Bourgeois B, Gaba S, Plumejeaud C & Bretagnolle V (2020) Weed diversity is driven by complex interplay between multi-scale dispersal and local filtering. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 287, 20201118. doi: 10.1098/rspb.2020.1118.
Fried G, Armengot L, Storkey J, Bourgeois B, Gaba S, Violle C & Munoz F (2020) Do ecological specialization and functional traits explain the abundance-frequency relationship? Arable weeds as a case study. Journal of Biogeography, accepted. doi: 10.1111/jbi.13980.
Gaba S, Cheviron N, Perrot T, Piutti S, Gautier J-L & Bretagnolle V (2020) Weeds enhance multifunctionality in arable lands in South-West of France. Frontiers in Sustainable Food Systems, 4, 71. doi: 10.3389/fsufs.2020.00071.
Communiqué de presse : Les plantes adventices au service de l’agriculture : pourquoi sont-elles essentielles et comment les protéger ?
Denelle P, Violle C & Munoz F (2020) Generalist plants are more competitive and more functionally similar to each other than specialist plants: insights from network analyses. Journal of Biogeography, 47, 1922–1933. doi: 10.1111/jbi.13848.
Grenié M, Violle C & Munoz F (2020) Is prediction of species richness from stacked species distribution models biased by habitat saturation? Ecological Indicators, 111, 105970. doi: 10.1016/j.ecolind.2019.105970.
Laroche F, Violle C, Taudière A & Munoz F (2020) Analyzing snapshot diversity patterns with the Neutral Theory can show functional groups’ effects on community assembly. Ecology, 101, e02977. doi: 10.1002/ecy.2977.
Loiseau N, Mouquet N, Casajus N, Grenié M, Guéguen M, Maitner B, Mouillot D, Ostling A, Renaud J, Tucker C, Velez L, Thuiller W & Violle C (2020) Global distribution and conservation status of ecologically rare mammal and bird species. Nature Communications, 11, 5071. doi: 10.1038/s41467-020-18779-w.
Communiqué de presse : Rareté écologique des oiseaux et des mammifères terrestres : la double peine
Mahaut L, Fort F, Violle C & Freschet GT (2020) Multiple facets of diversity effects on plant productivity: Species richness, functional diversity, species identity and intraspecific competition. Functional Ecology, 34, 287–298. doi: 10.1111/1365-2435.13473.
Bonhomme C, Céréghino R, Carrias J-F, Compin A, Corbara B, Jassey V, Leflaive J, Farjalla VF, Marino NAC, Rota T, Srivastava DS & Leroy C (2020) In situ resistance, not immigration, supports invertebrate community resilience to drought intensification in a neotropical ecosystem. Journal of Animal Ecology, accepted. doi: 10.1111/1365-2656.13392.
Céréghino R, Françoise L, Bonhomme C, Carrias J-F, Compin A, Corbara B, Jassey V, Leflaive J, Rota T, Farjalla VF & Leroy C (2020) Desiccation resistance traits predict freshwater invertebrate survival and community response to drought scenarios in a Neotropical ecosystem. Ecological Indicators, 119, 106839. doi: 10.1016/j.ecolind.2020.106839.
Guzman LM, Trzcinski MK, Barberis IM, Céréghino R, Srivastava DS, Gilbert B, Pillar VD, de Omena PM, MacDonald AAM, Corbara B, Leroy C, Ospina Bautista F, Romero GQ, Kratina K, Debastiani VJ, Gonçalves AZ, Farjalla VF, Richardson BA, Richardson MJ, Dézerald O, Petermann J, Talaga S, Piccoli GCO, Jocqué M & Montero G (2020) Climate influences the response of community functional traits to local conditions in bromeliad invertebrate communities. Ecography, accepted. doi: 10.1111/ecog.05437.
Chang CW, Ye H, Miki T, Deyle ER, Souissi S, Anneville O, Adrian R, Chiang Y-R, Ichise S, Kumagai M, Matsuzaki SS, Shiah F-K, Wu J-T, hao Hsieh C & Sugihara G (2020) Long-term warming destabilizes aquatic ecosystems through weakening biodiversity-mediated causal networks. Global Change Biology, 26, 6413–6423. doi: 10.1111/gcb.15323.
David R, Mabile L, Specht A, Stryeck S, Thomsen M, Yahia M, Jonquet C, Dollé L, Jacob D, Bailo D, Bravo E, Gachet S, Gunderman H, Hollebecq J-E, Ioannidis V, Le Bras Y, Lerigoleur E & Cambon-Thomsen A (2020) FAIRness Literacy: The Achilles’ Heel of Applying FAIR Principles. Data Science Journal, 19, 32. doi: 10.5334/dsj-2020-032.
Jarry R, Chaumont M, Berti-Équille L & Subsol G (2020) Assessment of CNN-based methods for poverty estimation from satellite images. Proceeding of the 25th International Conference on Pattern Recognition, ICPR’2021, 11th IAPR International Workshop on Pattern Recognition in Remote Sensing, PRRS’2021, 15p.
Specht A, Corrêa P, Belbin L & Loescher HW (2020) Critical research infrastructure: The importance of synthesis centers. Elephant in the Lab. doi: 10.5281/zenodo.3660920.
Brandl SJ, Johansen JL, Casey JM, Tornabene L, Morais RA & Burt JA (2020) Extreme environmental conditions reduce coral reef fish biodiversity and productivity. Nature Communications, 11, 3832. doi: 10.1038/s41467-020-17731-2.
Parravicini V, Casey JM, Schiettekatte NMD, Brandl SJ, Pozas-Schacre C, Carlot J, Edgar GJ, Graham NAJ, Harmelin-Vivien M, Kulbicki M, Strona G & Stuart-Smith RD (2020) Delineating reef fish trophic guilds with global gut content data synthesis and phylogeny. PLoS Biology, 18, e3000702. doi: 10.1371/journal.pbio.3000702.
Synthèse d’article : Les conditions environnementales extrêmes réduisent la biodiversité et la productivité des poissons des récifs coralliens (in French)
Nouvelles publications scientifiques de l'équipe FRB-Cesab
Helmstetter AJ, Amoussou BEN, Bethune K, Kamdem NG, Glèlè Kakaï R, Sonké B & Couvreur TLP (2020) Phylogenomic approaches reveal how climate shapes patterns of genetic diversity in an African rain forest tree species. Molecular Ecology, 29, 3560–3573. doi: 10.1111/mec.15572.
Helmstetter AJ, Béthune K, Kamdem NG, Sonké B & Couvreur TL (2020) Individualistic evolutionary responses of Central African rain forest plants to Pleistocene climatic fluctuations. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 117, 32509–32518. doi: 10.1073/pnas.2001018117.
Helmstetter AJ, Kamga SM, Bethune K, Lautenschläger T, Zizka A, Bacon CD, Wieringa JJ, Stauffer F, Antonelli A, Sonké B & Couvreur TLP (2020) Unraveling the phylogenomic relationships of the most diverse African palm genus Raphia (Calamoideae, Arecaceae). Plants, 9, 549. doi: 10.3390/plants9040549.
Helmstetter AJ, Papadopulos AST, Igea J & Van Dooren TJM (2020) Trait evolution and historical biogeography shape assemblages of annual killifish. Journal of Biogeography, 47, 1955–1965. doi: 10.1111/jbi.13912.
Portrait de chercheur
Thomas Couvreur, porteur du projet Rainbio, fini en 2017 et co-financé par la région Provence Alpes Côte d’Azur
“Rainbio a été le premier grand projet que j’ai eu à gérer, seulement trois ans après mon entrée à l’IRD (Institut de recherche pour le développement) et a été fondamental pour le développement de ma carrière. Diriger un groupe aussi important de chercheurs internationaux a été un défi, mais m’a permis d’acquérir beaucoup d’expérience. J’ai vraiment apprécié d’être le porteur de projet et nous avons passés beaucoup de bons moments ensembles. Le groupe était solide et les relations étaient toujours très bonnes, même aujourd’hui nous continuons une étroite collaboration dans différents projets. Je repense avec nostalgie aux jours de Rainbio, aux réunions et aux dîners à Aix en Provence (premier site du Cesab avant son déménagement à Montpellier en janvier 2019) !
Aujourd’hui, il y a tant de données générées et disponibles, et peu de financeurs sont intéressés à rassembler les gens et à synthétiser ces données. Cependant, si nous voulons relever les défis actuels à grande échelle en matière de biodiversité, de tels efforts sont vitaux. Je pense que nous l’avons très bien montré avec Rainbio. Lorsque j’ai eu l’idée de fusionner les bases de données d’herbiers en une seule, il a d’abord été difficile d’obtenir du soutien et beaucoup ont dit que c’était trop compliqué. Cependant, le Cesab a fourni une situation idéale, ainsi qu’un excellent post-doctorant pour y parvenir. Il est intéressant de noter que des efforts similaires ont été entrepris parallèlement à Rainbio, avec le groupe de travail Bien (Botanical Information and Ecology Newtwork) et que ces projets se rejoignent maintenant (voir Enquist BJ et al., (2019) The commonness of rarity : Répartition mondiale et future de la rareté entre les plantes terrestres. Science Advances, doi : 10.1126/sciadv.aaz0414.)”
- Le projet Rainbio s’est intéressé aux forêts tropicales humides d’Afrique et a publié une base de données gratuite contenant des occurrences géoréférencées de haute qualité de plantes vasculaires d’Afrique tropicale subsaharienne. Rainbio a également créé un paquet R “ConR” qui permet des évaluations préliminaires rapides de conservation par lots selon les critères B des directives de l’UICN.
- Rainbio est toujours actif : sept publications ont été publiées après la fin du projet et les dernières ont fait l’objet d’un communiqué de presse “La synthèse de données au service de la flore tropicale africaine menacée“. Le Cesab a également joué un rôle important dans la mise en place du projet “Global” qui débutera en 2020, pour lequel Thomas Couvreur a reçu un financement de l’ECR (European Resarch Council) de 1 950 000 €, pour travailler sur la diversification de la forêt tropicale humide.
Le Cesab en 2020
Sections
- Recrutement de deux post-doctorants
- Ça s'est passé en 2020
- Les formations de 2020
- Les appels à projets de 2020
- Les groupes de travail Cesab
- Nouvelles publications scientifiques des groupes Cesab
- Nouvelles publications scientifiques de l'équipe FRB-Cesab
- Portrait de chercheur
- Le Cesab en 2020
