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[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2024
décembre 2024 I Formation I Cesab I
[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2024
Gestion des versions, reproductibilité, compendium et conteneurisation
Les pré-inscriptions 2024 sont closes.
Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et le GDR EcoStat proposent la sixième édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (Git, GitHub, R Markdown, Quarto, renv, Docker) appliqués à la recherche en biodiversité.
Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 2 au 6 décembre 2024 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 150 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.
Une bonne maîtrise du logiciel R est requise.
Retrouvez la formation sur GitHub
Liste des intervenant(e)s :
- Iago BONNICI (CNRS ISEM)
- Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
- François GUILHAUMON (IRD Entropie)
- Aurélie SIBERCHICOT (UCBL LBBE)
INFORMATIONS PRATIQUES
Formation :
du 2 au 6 Décembre 2024
Ouverture des pré-inscriptions :
3 Juin 2024
Clôture des pré-inscriptions :
6 juillet 2024, minuit (CEST)
Confirmation d’inscription :
fin Juillet 2024
CESAB – FRB
5, rue de l’École de médecine
34000 Montpellier
Programme
Des cours magistraux suivis de travaux dirigés seront dispensés les quatre premiers jours.
Lundi
Lundi
- Accueil et présentation de la semaine
- Science ouverte et Recherche reproductible
- Research compendium et bonnes pratiques
- Gestion des versions avec git
- Gestion des versions avec git (suite)
- Collaboration et partage avec GitHub
- Programmation lettrée avec Quarto
- Optimisation du flux de travail (targets)
- Développement d’un package R
- Gestion des versions de package (renv)
- Conteneurisation (Docker)
- Projets en sous-groupes
- Projets en sous-groupes
- Restitution des projets