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décembre 2024  I  Formation  I  Cesab  I 

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2024

Gestion des versions, reproductibilité, compendium et conteneurisation

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2024

Les pré-inscriptions 2024 sont closes.

 
 
Le CesabCentre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et le GDR EcoStat proposent la sixième édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (Git, GitHub, R Markdown, Quarto, renv, Docker) appliqués à la recherche en biodiversité.

 

Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 2 au 6 décembre 2024 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 150 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

 

Une bonne maîtrise du logiciel R est requise.

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

Liste des intervenant(e)s :

  • Iago BONNICI (CNRS ISEM)
  • Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
  • François GUILHAUMON (IRD Entropie)
  • Aurélie SIBERCHICOT (UCBL LBBE)
INFORMATIONS PRATIQUES

Formation :

du 2 au 6 Décembre 2024

 

Ouverture des pré-inscriptions :

3 Juin 2024

 

Clôture des pré-inscriptions :

6 juillet 2024, minuit (CEST)

 

Confirmation d’inscription :

fin Juillet 2024

CESAB – FRB

5, rue de l’École de médecine

34000 Montpellier

 

Contact

 

Nicolas CASAJUS 

FicheMail

Programme
Des cours magistraux suivis de travaux dirigés seront dispensés les quatre premiers jours. 
Lundi
  • Accueil et présentation de la semaine
  • Science ouverte et Recherche reproductible
  • Research compendium et bonnes pratiques
  • Gestion des versions avec git
Mardi
  • Gestion des versions avec git (suite)
  • Collaboration et partage avec GitHub
Mercredi
  • Programmation lettrée avec Quarto
  • Optimisation du flux de travail (targets)
  • Développement d’un package R
Jeudi
  • Gestion des versions de package (renv)
  • Conteneurisation (Docker)
  • Projets en sous-groupes
Vendredi
  • Projets en sous-groupes
  • Restitution des projets
co-organisateurs