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décembre 2024 I Formation I Cesab I

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2024

Gestion des versions, reproductibilité, compendium et conteneurisation

Les pré-inscriptions pour l’édition 2024 de cette formation sont désormais ouvertes.

Attention, le nombre de places étant limité, l’inscription finale vous sera confirmée fin juillet 2024.

Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et le GDR EcoStat proposent la sixième édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (Git, GitHub, R Markdown, Quarto, renv, Docker) appliqués à la recherche en biodiversité.

Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 2 au 6 décembre 2024 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 150 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

Une bonne maîtrise du logiciel R est requise.

Retrouvez la formation sur GitHub

Liste des intervenant(e)s :

Iago BONNICI (CNRS ISEM)
Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
François GUILHAUMON (IRD Entropie)
Aurélie SIBERCHICOT (UCBL LBBE)

INFORMATIONS PRATIQUES

Formation :

du 2 au 6 Décembre 2024

Ouverture des pré-inscriptions :

3 Juin 2024

Clôture des pré-inscriptions :

6 juillet 2024, minuit (CEST)

Confirmation d’inscription :

fin Juillet 2024

CESAB – FRB

5, rue de l’École de médecine

34000 Montpellier

Contact

Nicolas CASAJUS

Fiche – Mail

Des cours magistraux suivis de travaux dirigés seront dispensés les quatre premiers jours.
Lundi

Accueil et présentation de la semaine
Science ouverte et Recherche reproductible
Research compendium et bonnes pratiques
Gestion des versions avec git

Mardi

Gestion des versions avec git (suite)
Collaboration et partage avec GitHub

Mercredi

Programmation lettrée avec Quarto
Optimisation du flux de travail (targets)
Développement d’un package R

Jeudi

Gestion des versions de package (renv)
Conteneurisation (Docker)
Projets en sous-groupes

Vendredi

Projets en sous-groupes
Restitution des projets

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Domaine d'expertise *

Êtes-vous en poste permanent ? *

Avez-vous déjà candidaté à cette formation ? *

Comment avez-vous eu connaissance de cette formation ? *

Votre niveau d'expertise

Quel est votre niveau en R ? *

Quel est votre niveau en git ? *

Quel est votre niveau R Markdown ? *

Quels sont vos projets de recherche actuels ? *

Qu'est-ce-que la reproductibilité pour vous ? *

Pourquoi souhaitez-vous participer à cette formation ? *

Quel projet souhaiteriez-vous mener lors des travaux en sous-groupes ? *

Avez-vous des commentaires ?

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