[FRB-Cesab] La synthèse des connaissances sur la biodiversité : introduction aux méta-analyses et revues systématiques – 2023

Les méta-analyses et les revues systématiques sont de plus en plus utilisés pour synthétiser la littérature scientifique d’un domaine particulier, et notamment en écologie. Historiquement, la méta-analyse est issue de la recherche médicale (Cochrane) conçue pour une prise de décision (traitements médicaux) objective en synthétisant de manière quantitative une grande collection de résultats provenant d’études indépendantes. En écologie, il existait des synthèses narratives, souvent rédigées par des experts, et réalisées à l’aide de méthodes non systématiques basées sur les recherches dont ils avaient connaissance, par opposition au spectre complet des connaissances existantes. 
 
Les méthodes systématiques pour réduire les biais dans les revues de littérature sont désormais considérées comme des méthodes distinctes de la méta-analyse. Aujourd’hui, les revues systématiques suivent un plan méthodologique et standardisé garantissant l’objectivité, l’exhaustivité, la transparence et la reproductibilité pour identifier et synthétiser les résultats de toutes les études indépendantes pertinentes (pour l’écologie, l’association de référence est la Collaboration for Environmental Evidence (CEE)). Elles sont souvent considérées comme la méthode la plus solide car elles minimisent les différents types de biais offrant une puissance statistique accrue et des résultats robustes, ce qui peut aider à résoudre les résultats contradictoires entre les études primaires.

 
Lundi 2 octobre 2023
Accueil et présentation de la semaine
Introduction à la synthèse des connaissances
L’utilité d’un protocole (papier méthodologique) de revue systématique
La recherche de littérature : quelles bases de données bibliographiques (Web of Science, Scopus, Google Scholar)
Formulation de l’équation de recherche (approche PECO/PICO)
Constitution et nettoyage du corpus (Zotero, Mendeley) (package R : revtools)
 
Mardi 3 octobre 2023
Tri des articles : les méthodes systématiques
Tri des articles : les critères d’éligibilités
Extraction des (méta-)données
Synthèses qualitatives et visualisation des (méta-)données
 
Mercredi 4 octobre 2023
L’analyse critique (ou critical appraisal en anglais) : comprendre son importance en méta-analyse / revue systématique, et apprendre la mettre en œuvre
Introduction aux approches méta-analytiques  : calcul des effect-sizes ; découvre les différents types de métrique ex. hedges d/g, odd ratios (package R : metafor)
Extraction des données quantitatives : les outils disponibles (package R : metaDigitise, plotdigitzer)
Synthèse quantitative : visualisation des données ex. forest plots, intervalles de confiances (packages R : ggplot2)
Le risque de biais et interprétation des résultats des méta-analyses
 
Jeudi 5 octobre 2023
Projets en sous-groupes adaptés à vos besoins : un temps pour appliquer les méthodes ex., planifier une revue, utiliser un script R pour entreprendre une méta-analyse.
 
Vendredi 6 octobre 2023
Restitution de la semaine : présentation des résultats des sous-groupes.