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Type : Formation

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2024

Les pré-inscriptions 2024 sont closes.

 
 
Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et le GDR EcoStat proposent la sixième édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (Git, GitHub, R Markdown, Quarto, renv, Docker) appliqués à la recherche en biodiversité.

 

Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 2 au 6 décembre 2024 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 150 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

 

Une bonne maîtrise du logiciel R est requise.

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

Liste des intervenant(e)s :

  • Iago BONNICI (CNRS ISEM)
  • Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
  • François GUILHAUMON (IRD Entropie)
  • Aurélie SIBERCHICOT (UCBL LBBE)

[FRB-Cesab] La donnée en biodiversité : de l’acquisition à l’ouverture – 2024

Les pré-inscriptions sont maintenant closes !

 

Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB, le Pôle National des Données de Biodiversité (PNDB) et GBIF France proposent la première édition de la formation « La donnée en biodiversité : de l’acquisition à l’ouverture ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de : 1) contextualiser les enjeux autour de la compréhension, du partage et de la (ré)utilisation des données et métadonnées de biodiversité et 2) faire monter en compétences les communautés intervenant à une ou plusieurs étapes du cycle de la donnée.

 

Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 4 au 8 novembre 2024 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 150 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

 

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

 

Une bonne maîtrise du logiciel R est requise

 

 

Liste des organisateur.ice.s :

Cette liste peut être sujette à modification.

[FRB-Cesab] La synthèse des connaissances sur la biodiversité : introduction aux méta-analyses et revues systématiques – 2024

Les pré-inscriptions sont maintenant closes.

 

Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB propose la troisième édition de la formation « La synthèse des connaissances sur la biodiversité : introduction aux méta-analyses et revues systématiques ».

 

Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de chercheurs/chercheuses aux techniques de méta-analyses et des méthodes des revues/cartes systématiques appliquées au domaine de la biodiversité. Ce sera aussi l’occasion de se familiariser avec différents outils (Web of Science, Scopus, Zotero, etc.) et méthodes statistiques (packages R : metaDigisitise, metafor, etc.) nécessaires pour entreprendre une revue systématique et/ou une méta-analyse.

 

Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 30 septembre au 4 octobre 2024 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix sera de 150 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir seront à la charge des participant.e.s.

 

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

 

Une bonne maîtrise du logiciel R est requise mais il n’est pas nécessaire d’avoir une expérience en méta-analyses ou en revues systématiques.

 

 

Liste des organisateur.ice.s (par ordre alphabétique) :

Cette liste comprend les personnes ayant contribué à l’organisation de la formation (O) et les intervenante.e.s en 2024 (I).

[FRB-Cesab] Analyse de réseaux d’interactions en écologie – 2024

 
Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et l’ANR EcoNet organisent la première édition de la formation “Analyse de réseaux d’interactions en écologie“. L’objectif de ce cours de cinq jours est de former de jeunes chercheur·e·s à l’analyse de données de réseaux écologiques.Ce cours contient une introduction générale sur les réseaux, les métriques classiques (dont la modularité, les niches et les clusters), les modèles nuls, les modèles génératifs (SBM), les réseaux à plusieurs niveaux, ainsi qu’un tour d’horizon des techniques plus nouvelles (comme l’imbrication). Chaque thème sera exploré à travers des cours puis suivi de sujets pratiques.
 

Cette formation sera dispensée en anglais et se déroulera du 22 au 26 avril 2024 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Le prix est de 150 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

 

 

Merci pour votre intérêt, les pré-inscriptions sont maintenant fermées.

Attention, le nombre de places étant limité, les dossiers retenus seront confirmés au mois de février.

 

Liste des organisateurs (par ordre alphabétique) :

[FRB-Cesab] Analyse théorique des données écologiques – 2024

 
Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et le GdR TheoMoDive organisent la troisième édition de la formation “Analyse théorique des données écologiques“. L’objectif de ce cours de cinq jours est de former de jeunes chercheur·e·s à la construction et à l’analyse de modèles mathématiques qui les aideront à mieux comprendre les données écologiques. Contrairement aux modèles purement statistiques, ce cours met l’accent sur une approche axée sur les processus et fondée sur l’écologie théorique. Le cours comprend une introduction générale à la modélisation en écologie et des sessions thématiques sur trois sujets d’intérêt (séries temporelles, données spatiales, réseaux d’interaction). Chaque sujet est exploré via des modèles mathématiques ainsi que des approches inférentielles et prédictives, avec un mélange de cours et de travaux pratiques.

 

Cette formation sera dispensée en anglais et se déroulera du 11 au 15 mars 2024 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Le prix est de 150 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

 

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

Les pré-inscriptions sont maintenant closes.

Si vous vous être pré-inscrit, le nombre de places étant limité, votre inscription sera confirmée en janvier après étude de votre dossier.

Une bonne maîtrise du logiciel R est requise. 

 

Liste des organisateurs (par ordre alphabétique) :
  • Vincent CALCAGNO (INRAE, ISA)
  • Emanuel FRONHOFER (CNRS, Isem)
  • Isabelle GOUNAND (CNRS, iEES-Paris)
  • Claire JACQUET (CNRS, Isem)
  • Sonia KEFI (CNRS, Isem)
  • François MASSOL (CNRS, CIIL)

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2023

Les pré-inscriptions pour l’édition 2023 de cette formation sont désormais closes.

Attention, le nombre de places étant limité, l’inscription finale vous sera confirmée courant septembre 2023.

 
 
Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et le RT EcoStat proposent la cinquième édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (Git, GitHub, R Markdown, Quarto, renv, Docker) appliqués à la recherche en biodiversité.

 

Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 20 novembre au 24 novembre 2023 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 150 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

 

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

Liste des intervenants (par ordre alphabétique) :

  • Iago BONNICI (CNRS ISEM)
  • Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
  • François GUILHAUMON (IRD Entropie)
  • Aurélie SIBERCHICOT (UCBL LBBE)

[FRB-Cesab] La synthèse des connaissances sur la biodiversité : introduction aux méta-analyses et revues systématiques – 2023

Les pré-inscriptions pour cette formation sont maintenant fermées.

 

Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB propose la deuxième édition de la formation « La synthèse des connaissances sur la biodiversité : introduction aux méta-analyses et revues systématiques ».

 

Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs/chercheuses aux techniques de méta-analyses et des méthodes des revues/cartes systématiques appliquées au domaine de la biodiversité. Ce sera aussi l’occasion de se familiariser avec les différents outils disponibles à la fois bibliographiques (comme WOS, Zotero/Mendeley/Endnote) et statistiques (packages R : metaDigisitise, metafor, etc.) nécessaires pour entreprendre une revue et méta-analyses.

 

Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 2 au 6 octobre 2023 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix sera de 150 € pour la semaine  – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir seront à la charge des participant(e)s.

 

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

 

Une bonne maîtrise du logiciel R est requise mais il n’est pas nécessaire d’avoir une expérience en méta-analyses ou en revues systématiques.

 

 

Liste des organisateurs (par ordre alphabétique) :

Autres intervenants (Guest speaker) : Frédéric GOSSELIN (INRAE)

[FRB-Cesab] Approche théorique pour l’étude de la biodiversité : lier modèles mathématiques et données – 2023

 
Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et le GdR TheoMoDive proposent la seconde édition de la formation « Approche théorique pour l’étude de la biodiversité : lier modèles mathématiques et données ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux techniques de modélisation mathématique (équations différentielles, Lotka-Volterra, matrices Jacobiennes, etc.) ainsi qu’à l’interface statistique entre modèles et données de biodiversité. 

 

Cette formation sera dispensée en anglais et se déroulera du 3 au 7 avril 2023 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 100 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

 

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

Une bonne maîtrise du logiciel R est requise. 

 

Liste des organisateurs (par ordre alphabétique) :
  • Vincent CALCAGNO (INRAE, ISA) 
  • Emanuel FRONHOFER (CNRS, Isem) 
  • Isabelle GOUNAND (CNRS, iEES-Paris) 
  • Claire JACQUET (CNRS, Isem) 
  • Sonia KEFI (CNRS, Isem)
  • François MASSOL (CNRS, CIIL) 

 

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2022

Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et le GdR EcoStat proposent la quatrième édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (Git, R Markdown, renv, Docker) appliqués à la recherche en biodiversité. L’IDE RStudio sera utilisée tout au long de la formation.

 

Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 28 novembre au 2 décembre 2022 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 200 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

 

Le GdR EcoStat propose une aide financière à celles et à ceux dont les fonds disponibles ne seraient pas suffisants. Ces bourses s’adressent en priorité aux doctorant.e.s et aux post-doctorant.e.s. Pour en bénéficier, le/la participant devra appartenir à un laboratoire membre du GdR. Le montant de l’aide financière octroyée dépendra du nombre de demandes. 

 

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

Liste des intervenants (par ordre alphabétique) :

  • Iago BONNICI (CNRS ISEM)
  • Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
  • François GUILHAUMON (IRD Entropie)
  • Aurélie SIBERCHICOT (UCBL LBBE)

[FRB-Cesab] La synthèse des connaissances sur la biodiversité : introduction aux méta-analyses et revues systématiques – 2022

 
Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité –de la FRB propose la première édition de la formation «La synthèse des connaissances sur la biodiversité : introduction aux méta-analyses et revues systématiques».
 
Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs/chercheuses aux techniques de méta-analyses et des méthodes des revues/cartes systématiques appliquées au domaine de la biodiversité. Ce sera aussi l’occasion de se familiariser avec les différents outils disponibles à la fois bibliographiques (e.g.,WOS; Zotero/Mendeley/Endnote) et statistiques (packages R : metaDigisitise, metafor…) nécessaires pour entreprendre une revue et méta-analyses.
 
Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 3 au 7 octobre 2022 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix sera de 350 € pour la semaine  – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir seront à la charge des participant(e)s.

 

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

Une bonne maîtrise du logiciel R est requise mais il n’est pas nécessaire d’avoir une expérience en méta-analyses ou en revue systématiques.

 

Liste des organisateurs (par ordre alphabétique) :

 

Autres intervenants : Dakis-Yaoba OUEDRAOGO, Romain SORDELLO, Frédéric GOSSELIN.

[FRB-Cesab] Approche théorique pour l’analyse des données sur la biodiversité – 2022

 
Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et le GdR TheoMoDive proposent la première édition de la formation « Approche théorique pour l’analyse des données sur la biodiversité ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux techniques de modélisation de données en écologie basées sur la théorie. 

 

Cette formation sera dispensée en anglais et se déroulera du 16 au 20 mai 2022 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 150 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

 

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

Une bonne maîtrise du logiciel R est requise. 

 

Liste des organisateurs (par ordre alphabétique) :
  • Vincent CALCAGNO (INRAE, ISA) 
  • Emanuel FRONHOFER (CNRS, Isem) 
  • Isabelle GOUNAND (CNRS, iEES-Paris) 
  • François MASSOL (CNRS, CIIL) 

 

Autres intervenants : Matthieu BARBIER, Maxime DUBART, Claire JACQUET, Benjamin ROSENBAUM 

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2021

Le Cesab de la FRB et le GdR EcoStat proposent la troisième édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (R, git, markdown, tidyverse, docker) appliqués à la recherche en biodiversité.
 
 
Son prix est de 300 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s. Des bourses peuvent être octroyées à certains participants (d’un montant n’excédant pas le prix d’inscription) : une bourse de la part de la FRB et une bourse du GdR EcoStat (pour les étudiants appartenant à un laboratoire membre du GdR). Cette formation, dispensée en français, s’est déroulée du 29 novembre au 3 décembre 2021 dans les locaux du Cesab à Montpellier. 

 

La formation peut être créditante pour les étudiants inscrits au doctorat dans les écoles doctorales suivantes :          

  • GAIA (Montpellier)
  • EGAAL (Rennes)
  • ABIES (Paris)
  • Sciences et agrosciences (Avignon)
  • SEVAB (Toulouse) 
  • Sciences de l’environnement (Aix en Provence)
 
Liste des intervenants (par ordre alphabétique) :
  • Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
  • Stéphane DRAY (CNRS LBBE)
  • Olivier GIMENEZ (CNRS Cefe)
  • Loreleï GUÉRY (Cirad Phim)
  • François GUILHAUMON (IRD Marbec)
  • Nina SCHIETTEKATTE (EPHE Criobe)

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2020

Le Cesab de la FRB et le GDR EcoStat proposent la seconde édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (e.g. R, git, markdown, tidyverse, docker) appliqués à la recherche en biodiversité.

Les frais d’inscription s’élèvent à 100 € pour la semaine et serviront à indemniser les intervenants. Les étudiant(e)s appartenant aux laboratoires membres du GDR EcoStat peuvent solliciter une aide financière de la part du GDR.

 

La formation, dispensée en français, s’est déroulée du 2 au 6 novembre 2020. 

 

Vous pouvez accéder à la présentation de la formation ainsi qu’aux codes R. 

 

Liste des intervenants (par ordre alphabétique) :

  • Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
  • Stéphane DRAY (CNRS LBBE)
  • Olivier GIMENEZ (CNRS Cefe)
  • François GUILHAUMON (IRD Marbec)
  • Nina SCHIETTEKATTE (EPHE Criobe)

 

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2019

Le Cesab de la FRB et le GDR EcoStat proposent une formation sur cinq jours intitulée “Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique”. L’objectif de cette formation est de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (e.g. R, git, markdown, tidyverse) appliqués à la recherche en biodiversité.
 
Cette formation, dispensée en français, sera ouverte aux jeunes chercheurs / chercheuses évoluant dans le domaine de la biodiversité (doctorant(e)s, post-doctorant(e)s, ingénieur(e)s). Le prix de la formation s’élève à 350 € pour la semaine et inclut les repas du midi. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s. Les étudiant(e)s appartenant aux laboratoires membres du GDR EcoStat peuvent, solliciter une aide financière de la part du GDR.
 
 
Liste des intervenants (par ordre alphabétique) :
  • Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
  • Stéphane DRAY (CNRS LBBE)
  • Olivier GIMENEZ (CNRS Cefe)
  • Loreleï GUÉRY (IRD Marbec)
  • François GUILHAUMON (IRD Marbec)
  • Nina SCHIETTEKATTE (EPHE Criobe)